求助gromacs做蛋白质和小分子配体模拟遇到了能量最小化不收敛的问题

jzy · 发表于 Post on 2025-3-26 20:58:51

各位老师好，我是利用gromacs做蛋白质和小分子配体模拟的，复合物的结构是通过分子对接得到的，我在模拟过程中遇到了能量最小化不收敛的问题，出现下述图片问题，无法继续NVT平衡，我搜索相关帖子发现了一些解决方法，例如扩大盒子，试过先steep，emtol=1000，然后cg，再把emtol调成100，试了几次还是不行，我也把小分子的itp文件找出，发现并不是之前帖子出现的itp的问题，并没有找到解决办法，希望sob老师可以指导一下，attach]109190[/attach]

em.mdp (1.04 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

minim.mdp (1.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

jzy · 发表于 Post on 2025-3-28 09:50:34

sobereva 发表于 2025-3-27 21:44
配体的原子电荷都不设哪行
别盲目让sobtop基于Hessian矩阵算力常数，认真看http://sobereva.com/soft/Sobt ...

谢谢sob老师，我现在马上改

sobereva · 发表于 Post on 2025-3-27 21:44:53

配体的原子电荷都不设哪行
别盲目让sobtop基于Hessian矩阵算力常数，认真看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ11

你这类问题>99.99%的可能性就是拓扑文件的问题，<0.01%的可能性才是mdp的问题

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