如何生成原子排序一致的分子团簇PDB文件以实现批量电荷分配？

化学兔 · 发表于 Post on 2025-4-13 03:48:08

本帖最后由化学兔于 2025-4-13 21:10 编辑

老师们好，我在使用分子力场计算外重组能时，给团簇的所有分子设定原子电荷需要使每个分子的原子排序保持一致（例如图1，indigo分子团簇中原子排序每30一循环，来自帖子第二部分：http://sobereva.com/332）。我将molecule.cif运用Multiwfn产生中心分子+相邻分子的团簇结构并根据键连关系重排原子序号，但是发现问题：在导出的 molecule-cluster-multiwfn.pdb 文件中，如图2所示，前52个原子排序和之后的52个原子排序不能保持一致（1个分子包含52原子）；我又尝试使用Materials Studio打开ciif文件，导出原子团簇并使用Multiwfn重排原子序号，发现 molecule-cluster-ms-multiwfn.pdb 文件中同种分子的原子顺序仍不一致（图3）。由于团簇pdb文件中原子数很多（3900个原子）且排序不一致，我无法给原子1~52、53~104...3849~3900都依次赋上单分子的原子电荷，请问老师有什么好的办法可以生成原子排序保持一致的坐标文件呢？谢谢老师
图1-图3见下图：

sobereva · 发表于 Post on 2025-4-14 02:00:08

简单方法没有
原理上，可以写程序自动依次处理团簇里每个分子，对这个分子和参考分子做RMSD叠合确定原子对应关系并重新排序，再写入到原团簇文件里

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