AMBER关于residue的处理以及设置约束

kjxwl3

各位AMBER专家：
      向你们请教一下关于amber的两个问题，手册上一直没有找到：
      (1). 我的pdb是自己创建的，我load结构的时候，amber总是会把这两个residue整到一块，会报这个warning：
      Loading PDB file: ./crown.pdb
      Warning: name change in pdb file residue 1 ;
      this residue is split into FEO and CRO.
      1 residues had naming warnings.
      There are split residues;
      residue sequence numbers will not correspond to those in the pdb.
      total atoms in file: 49

      我的PDB是：
ATOM      1 Fe   FEO  X   1       0.000   0.000   0.000  1.00  9.59          Fe
ATOM      2 C1   CRO X   1       2.465   2.838   0.266  1.00 13.46          C
ATOM      3 C2   CRO X   1       1.225   3.554  -0.266  1.00 12.56          C
ATOM      4 C3   CRO X   1      -2.465   2.838   0.266  1.00 12.21          C
ATOM      5 C4   CRO X   1      -1.225   3.554  -0.266  1.00 11.05          C
ATOM      6 C5   CRO X   1      -3.691  -0.715  -0.266  1.00 13.31          C
ATOM      7 C6   CRO X   1      -3.691   0.715   0.266  1.00 15.73          C
ATOM      8 C7   CRO X   1       3.691   0.715   0.266  1.00 16.66          C
ATOM      9 C8   CRO X   1       3.691  -0.715  -0.266  1.00 22.36          C
ATOM     10 C9   CRO X   1       2.465  -2.838  -0.266  1.00  8.73          C
ATOM     11 C10  CRO X   1       1.225  -3.554   0.266  1.00 10.41          C
ATOM     12 C11  CRO X   1      -1.225  -3.554   0.266  1.00 10.22          C
ATOM     13 C12  CRO X   1      -2.465  -2.838  -0.266  1.00 11.57          C
ATOM     14 H1   CRO X   1       3.360   3.314  -0.164  1.00 10.70          H
ATOM     15 H2   CRO X   1       2.519   2.967   1.367  1.00 16.07          H
ATOM     16 H3   CRO X   1       1.190   4.567   0.164  1.00 21.44          H
ATOM     17 H4   CRO X   1       1.310   3.666  -1.367  1.00 18.98          H
ATOM     18 H5   CRO X   1      -3.360   3.314  -0.164  1.00 31.59          H
ATOM     19 H6   CRO X   1      -2.519   2.967   1.367  1.00  8.21          H
ATOM     20 H7   CRO X   1      -1.310   3.666  -1.367  1.00  6.24          H
ATOM     21 H8   CRO X   1      -1.190   4.567   0.164  1.00  6.93          H
ATOM     22 H9   CRO X   1      -4.550  -1.252   0.164  1.00  9.88          H
ATOM     23 H10  CRO X   1      -3.830  -0.698  -1.367  1.00  7.41          H
ATOM     24 H11  CRO X   1      -3.830   0.698   1.367  1.00  9.37          H
ATOM     25 H12  CRO X   1      -4.550   1.252  -0.164  1.00 11.06          H
ATOM     26 H13  CRO X   1       4.550   1.252  -0.164  1.00  6.15          H
ATOM     27 H14  CRO X   1       3.830   0.698   1.367  1.00  4.79          H
ATOM     28 H15  CRO X   1       4.550  -1.252   0.164  1.00  7.04          H
ATOM     29 H16  CRO X   1       3.830  -0.698  -1.367  1.00  7.45          H
ATOM     30 H17  CRO X   1       3.360  -3.314   0.164  1.00  7.98          H
ATOM     31 H18  CRO X   1       2.519  -2.967  -1.367  1.00 15.61          H
ATOM     32 H19  CRO X   1       1.310  -3.666   1.367  1.00 20.68          H
ATOM     33 H20  CRO X   1       1.190  -4.567  -0.164  1.00 14.59          H
ATOM     34 H21  CRO X   1      -1.190  -4.567  -0.164  1.00  7.25          H
ATOM     35 H22  CRO X   1      -1.310  -3.666   1.367  1.00  5.57          H
ATOM     36 H23  CRO X   1      -2.519  -2.967  -1.367  1.00  7.41          H
ATOM     37 H24  CRO X   1      -3.360  -3.314   0.164  1.00  6.33          H
ATOM     38 NH1  CRO X   1      -2.463   1.422  -0.121  1.00  9.24          N
ATOM     39 HN1  CRO X   1      -1.706   0.985   0.415  1.00 11.82          H
ATOM     40 NH2  CRO X   1      -0.000   2.844   0.121  1.00 15.31          N
ATOM     41 HN2  CRO X   1      -0.000   1.971  -0.415  1.00 13.28          H
ATOM     42 NH3  CRO X   1       2.463   1.422  -0.121  1.00  6.25          N
ATOM     43 HN3  CRO X   1       1.706   0.985   0.415  1.00  5.18          H
ATOM     44 NH4  CRO X   1       2.463  -1.422   0.121  1.00  7.71          N
ATOM     45 HN4  CRO X   1       1.706  -0.985  -0.415  1.00  8.73          H
ATOM     46 NH5  CRO X   1      -0.000  -2.844  -0.121  1.00  7.25          N
ATOM     47 HN5  CRO X   1      -0.000  -1.971   0.415  1.00  6.54          H
ATOM     48 NH6  CRO X   1      -2.463  -1.422   0.121  1.00  6.29          N
ATOM     49 HN6  CRO X   1      -1.706  -0.985  -0.415  1.00  7.02          H
     实际上我就是想把这两个分开，现在amber默认两个为一个residue CRO了，而我为每个residue专门创建了lib和frcmod，最终导出top的时候也没有报错。如果amber认为这两个是同一个    residue后，对于CRO，它的lib里面是没有Fe的信息的。
      (2). AMBER里面如何设置约束，我看了手册，restraintmask定义约束区域：
      restraintmask=’:1-5’，这个就是定义第1个到第5个residue的所有原子为约束的，如果只是想定义第一个residue的2-8号原子，第5个residue的4-16号原子。该怎么写？
      谢谢大家！

sobereva

kjxwl3 发表于 2017-3-14 21:54
谢谢你，我用packmol做的话，可以自动加入TER么

用add_amber_ter关键词可实现

therotyonth

kjxwl3 发表于 2017-3-14 21:54
谢谢你，我用packmol做的话，可以自动加入TER么

packmol我没有使用过，不太清楚。

kjxwl3

therotyonth 发表于 2017-3-14 21:50
关于第一个问题是因为你没有使用TER将两个分子隔开，只要没有通过TER隔开的默认都是连接！在两个分子之间直 ...

谢谢你，我用packmol做的话，可以自动加入TER么

therotyonth

关于第二个问题，原子约束条件的问题，直接使用@后面跟原子序号，如果第一个residue的2-8号原子序号为25-31，第5个residue的4-16号原子序号为50-62，则设置为"@25-31,50-62 "，原子序号一定要和tleap保存的pdb文件里面对应的原子序号相同。

therotyonth

关于第一个问题是因为你没有使用TER将两个分子隔开，只要没有通过TER隔开的默认都是连接！在两个分子之间直接使用一行“TER”。

sobereva

把pdb里面残基号分别改成1和2再试

:是指定残基号的，你可以用@来直接指定原子号，比如@1,2,5