老师们，请问metadynamics施加的bias对MD模拟得出的结构会有影响吗

Secretc

老师们好，我目前在做借助LAMMPs-PLUMED进行metadynamics模拟相关的工作，目前遇到的一个问题是模拟被他人强行中断后重启（restart）但是重启的输入文件没写好，导致得到的meta.xyz轨迹文件只包含了重启后的部分（前面六百多万步的轨迹丢失）但是HILLS和CLOVAR文件应该是没有问题的，想问问遇到这种情况只利用初始结构和势函数跑一次MD来重现这些结构可以吗（而不是重新跑metaD）也就是我说的bias的施加是否会影响轨迹中的结构

KanbeKotori

我觉得影响不小。经典分子动力学的混沌效应已经足够明显了，更何况偏置势直接作用于cv所切分出来的势能截面，动力学过程的扰动会进一步放大。建议从头跑。
我觉得就算你保证seed，每一步施加了正确的偏置以及进行了正确的控温等，由于各种数值因素介入，也不一定能完全重现真正的动力学历史。