ORCA 4.0.0 Linux版安装记录

ChrisZheng

Linux版安装记录

操作系统Arch Linux。感谢李老师的分享。

解压ORCA到/opt：

1. sudo tar -xjf "orca_4_0_0_linux_x86-64_openmpi202.tbz" -C /opt

复制代码

另外，对于新版Windows的压缩包，在当前目录解压的命令是：

1. zstd -d "orca_4_0_1_2_win64_msmpi81.tar.zst" --no-sparse
   
2. tar xvf orca_4_0_1_2_win64_msmpi81.tar

复制代码

解压openmpi：

1. tar -xzf "openmpi-2.0.2.tar.gz" -C /tmp

复制代码

编译安装openmpi：

1. cd /tmp/openmpi-2.0.2/
   
2. ./configure --prefix=/opt/openmpi
   
3. sudo make -j 4 install

复制代码

小试一把

运行计算前首先设置环境：

1. export PATH=/opt/openmpi/bin:/opt/orca_4_0_0_linux_x86-64/:${PATH};
   
2. export LD_LIBRARY_PATH=/opt/openmpi/lib:${LD_LIBRARY_PATH};

复制代码

然后计算：

1. "/opt/orca_4_0_0_linux_x86-64/orca" "/tmp/TPSSh/TPSSh-SVP.inp" > TPSSh-SVP.out

复制代码

其中TPSSh-SVP.inp的内容是：

1. ! TPSSh D3 def2-SVP def2/J gCP(DFT/SVP) RIJCOSX KDIIS TightSCF Grid4 NoFinalGrid Opt Pal4 NoPOP
   
2. %MaxCore 800
   
3. !CPCM(Methanol)
   
4. %cpcm
   
5.   smd true
   
6.   solvent "Methanol"
   
7. end
   
8. * xyzfile 1 1 TPSS-TZVP.xyz

复制代码

几点感受：

• 没有感觉明显的速度提升。
• 对于配合物还是得用 ! KDIIS 。
  

流水帐，希望能帮到别人。话说论坛发帖不能用Markdown么

化学势

zmm0418 发表于 2019-7-17 10:14
请问老师，你计算的原子有多少个呀

150

zmm0418

化学势 发表于 2017-3-18 13:33
DLPNO-CCSD(T)/aug-cc-pVTZ单点能

请问老师，你计算的原子有多少个呀

刘芳芳

请问解压和安装mpi都要通过执行命令实现吗？我是直接下载到D盘 然后鼠标点击解压 然后在环境设置里输入了全路径 还有orca的全路径，可是并行的时候出错了 下边是我的输入文件
! RHF SVP Opt pal2

* xyz 0 1
C 0  0  0
O 0  0  1.13
*
给的结果是 ORCA finished by error termination in orca_GTOInt

尚艳磊

ChrisZheng 发表于 2017-12-26 11:14
安装tree包，比如

apt-get install tree

多谢老师前辈，已经安装了静态库的ORCA，正在摸索中。

sobereva

尚艳磊 发表于 2017-12-26 11:03
/home3/shangyl/ORCA/ORCA/orca/orca: error while loading shared libraries: liborca_tools_4_0_1_2.so ...

恰当设定LD_LIBRARY_PATH
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=6555

ChrisZheng

尚艳磊 发表于 2017-12-26 11:03
/home3/shangyl/ORCA/ORCA/orca/orca: error while loading shared libraries: liborca_tools_4_0_1_2.so ...

安装tree包，比如

apt-get install tree

然后在那个目录里执行一下tree，看看目录结构到底是什么样的，你配置的环境变量是否有错误。

或者执行一下source ~/.bashrc试试

尚艳磊

尚艳磊 发表于 2017-12-26 09:58
老师，您好！
我设置了环境变量：vi ~/.bashrc
export PATH=/home3/shangyl/ORCA/Openmpi/bin:/home3/s ...

/home3/shangyl/ORCA/ORCA/orca/orca: error while loading shared libraries: liborca_tools_4_0_1_2.so: cannot open shared object file: No such file or directory

尚艳磊

ChrisZheng 发表于 2017-11-18 19:33
需要把.so文件所在目录加到环境变量 类似这样

老师，您好！
我设置了环境变量：vi ~/.bashrc
export PATH=/home3/shangyl/ORCA/Openmpi/bin:/home3/shangyl/ORCA/ORCA/orca_4_0_1_2_linux_x86-64_shared_openmpi202/:${PATH}
export LD_LIBRARY_PATH=/home3/shangyl/ORCA/Openmpi/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
之后我小试一把，和楼上前辈是一样的结果

尚艳磊

ChrisZheng 发表于 2017-12-25 19:38
我没明白你的意思，不行重新下载试试？

嗯嗯，我正在试sob老师提供的4.0.1.2.
安装步骤应该一样
多谢啦~圣诞快乐~

ChrisZheng

尚艳磊 发表于 2017-12-25 19:01
我试了 -tvv 卡了很久额
那个盘里面是orca_4_0_0_linux_x86-64_openmpi202  (2).tbz
是不是坏了呀 ...

我没明白你的意思，不行重新下载试试？

尚艳磊

ChrisZheng 发表于 2017-12-25 18:54
里面提示了

我试了 -tvv 卡了很久额
那个盘里面是orca_4_0_0_linux_x86-64_openmpi202  (2).tbz
是不是坏了呀？

ChrisZheng

尚艳磊 发表于 2017-12-25 18:48
老师，解压的时候遇到了问题：
[shangyl@cpu-master ORCA]$ tar -xjf orca_4_0_0_linux_x86-64_openmpi2 ...

里面提示了

It is possible that the compressed file(s) have become corrupted.
You can use the -tvv option to test integrity of such files.

尚艳磊

ChrisZheng 发表于 2017-12-25 16:51
ORCA有Windows版，可以在Windows下跑。我这里讲的都是Linux下安装配置的方法，Windows只是提了一下。

老师，解压的时候遇到了问题：
[shangyl@cpu-master ORCA]$ tar -xjf orca_4_0_0_linux_x86-64_openmpi202.tbz

bzip2: Data integrity error when decompressing.
        Input file = (stdin), output file = (stdout)

It is possible that the compressed file(s) have become corrupted.
You can use the -tvv option to test integrity of such files.

You can use the `bzip2recover' program to attempt to recover
data from undamaged sections of corrupted files.

tar: Unexpected EOF in archive
tar: Unexpected EOF in archive
tar: Error is not recoverable: exiting now

ChrisZheng

尚艳磊 发表于 2017-12-25 16:46
老师您好，这个 windows 版本的是什么意思啊，在windows下也可以跑？

ORCA有Windows版，可以在Windows下跑。我这里讲的都是Linux下安装配置的方法，Windows只是提了一下。