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[GROMACS] 求助:环肽构象的提取问题

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各位老师好,我在Gromacs中模拟了一段环肽在溶剂中的轨迹,想请教一下如何才能将采集到的主要构象提取出来?是需要利用gmx cluster命令吗?感谢老师解答。

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发表于 Post on 2025-6-5 00:30:52 | 只看该作者 Only view this author
oillio 发表于 2025-6-4 20:39
老师 ,请问利用教材里的gromos算法进行环肽的构象提取恰当吗?或者更推荐cluster命令中的哪种其他算法?

恰当
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-4 20:39:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-16 06:30
如果你想获得MD过程中有代表性的构象,gmx cluster可以

老师 ,请问利用教材里的gromos算法进行环肽的构象提取恰当吗?或者更推荐cluster命令中的哪种其他算法?

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发表于 Post on 2025-5-28 09:27:00 | 只看该作者 Only view this author
oillio 发表于 2025-5-28 09:18
老师,请问在跑平衡相时,跑NPT前需不需要跑一段NVT?我看有的文献这样做了,但培训班又说没有特殊目的一律 ...

通常都不用,绝大多数文献先做NVT都是多余的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-28 09:18:19 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问在跑平衡相时,跑NPT前需不需要跑一段NVT?我看有的文献这样做了,但培训班又说没有特殊目的一律不要用NVT,感谢老师解答。

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发表于 Post on 2025-5-16 06:30:03 | 只看该作者 Only view this author
如果你想获得MD过程中有代表性的构象,gmx cluster可以
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