求助聚合物自组装的轨迹修复

milk_q

我是10个高分子聚合物的自组装，模拟时间是200ns，在150ns左右组装体基本形成
初始的md.xtc是这样的，分子都在盒子内部但是在盒子边缘断裂，没有平动，但是RMSD出现上下大幅度波动

下面是我的修复步骤
①gmx trjconv -s topol.tpr -f md.xtc -o step1_cluster.xtc -pbc cluster -center  -n index.ndx
index.ndx选择的是10个MOL组，cluster和center都选择的10个MOL
②gmx trjconv -s topol.tpr -f md_cluster_center.xtc -o step2_mol.xtc -center -pbc mol -n index.ndx
mol和center都选择的10个MOL
得到的轨迹不同帧是这样，有剧烈的旋转和平动，使用-fit rot+trans还是一样的旋转平动


试了-pbc nojump（使用nojump，去除周期性边界，很多分子都没有聚集到一起）、-pbc mol、-pbc cluster、-center、-fit rot+trans的很多组合都没有解决，请大佬直接指教一下，是哪里出了问题