计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 460|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助:gromacs统计氢键的问题

[复制链接 Copy URL]

105

帖子

0

威望

499

eV
积分
604

Level 4 (黑子)

gromacs默认是统计O和H的氢键,如果我想统计体系中N原子与H原子之间的氢键数量,氢键距离分布,氢键寿命和氢键角度这些性质,应该怎么处理呢?

105

帖子

0

威望

499

eV
积分
604

Level 4 (黑子)

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-4 18:14:22 | 只看该作者 Only view this author
xliu97 发表于 2025-6-2 06:41
您好,请问在使用命令计算氢键之前,需要对轨迹进行pbc处理吗?比如将边界切开的分子组合

我没有做这个处理

15

帖子

0

威望

179

eV
积分
194

Level 3 能力者

7#
发表于 Post on 2025-6-2 06:41:43 | 只看该作者 Only view this author
您好,请问在使用命令计算氢键之前,需要对轨迹进行pbc处理吗?比如将边界切开的分子组合

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2025-5-29 17:41:00 | 只看该作者 Only view this author
Lisy 发表于 2025-5-29 17:36
卢老师,请问如果要能直接分析统计N和H形成的氢键的话,是不是直接下载2025版本的gromacs就可以了,命令 ...


基本用法没区别,gmx hbond -h显示帮助一看便知
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

105

帖子

0

威望

499

eV
积分
604

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-29 17:36:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-29 17:17
不直接支持。需要折腾

卢老师,请问如果要能直接分析统计N和H形成的氢键的话,是不是直接下载2025版本的gromacs就可以了,命令行还是和老版本的一样吗

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2025-5-29 17:17:02 | 只看该作者 Only view this author
Lisy 发表于 2025-5-29 14:23
卢老师,请问2018.8版本的gromacs 氢键统计也是支持N元素的吗?

不直接支持。需要折腾
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

105

帖子

0

威望

499

eV
积分
604

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-29 14:23:07 | 只看该作者 Only view this author

卢老师,请问2018.8版本的gromacs 氢键统计也是支持N元素的吗?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2025-5-29 08:41:25 | 只看该作者 Only view this author
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-14 06:38 , Processed in 0.168586 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list