求助：蛋白配体复合物限制性动力学时报错“Update groups can not be used for thi...

小马仙人

最近自己在尝试将分子对接的配体和蛋白复合物进行动力学模拟，在进行到100ps的分子动力学模拟时，出现报错“Update groups can not be used for this system because atoms that are (in)directly constrained together are interdispersed with other atoms”。用的mdp文件是卢老师上课时给mdp通道模板，之前用这些模板跑胰蛋白酶和苄脒阳离子时没有问题，就尝试着来跑自己的蛋白配体复合物。模板文件都没有动过，出现这种问题是我之前做的步骤有问题还是模板文件里的参数不合适呢。

小马仙人

sobereva 发表于 2025-6-5 08:59
此提示说明由于拓扑文件的原因没法用默认的-update gpu，和报错终止计算完全是两码事。用正经的Linux系统（ ...

谢谢sob老师，我用论坛里提供的win-cpu版本成功运行起限制动力学了。后面的常规动力学在wsl2的gpu版本也成功运行上了,我先将就着用两个版本gmx组合跑MD吧。

sobereva

此提示说明由于拓扑文件的原因没法用默认的-update gpu，和报错终止计算完全是两码事。用正经的Linux系统（甭用WSL之类不伦不类的），如果还崩溃说明拓扑文件有问题，或者当前gromacs版本bug