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[综合交流] 计算糖分子与水分子的分子动力学模拟可以用什么软件?

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楼主
我想模拟糖分子和水分子(溶剂)在升温与降温过程中的分子间变化情况,想问一下用什么软件比较好?
我看到网上有用lammps和materials studio这两个软件水分子与其他分子进行分子动力学模拟,不知道这两个软件模拟的怎么样?
同时,我想问一下用cp2k软件是否适合模拟糖分子和水分子的分子动力学?谢谢

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发表于 Post on 2025-6-17 04:34:07 | 只看该作者 Only view this author
GROMACS是最适合的程序,远比Lammps和M$适合得多,居然没有提到最该用的GROMACS不可思议。GROMACS比lammps快得多、上手容易得多、用户数多得多。而M$又慢又贵又弱又不灵活,算这类体系没有丝毫优点(而且根本没法用专门适合糖分子的力场),极其不被专业研究者待见。

看下文了解不同程序的流行度
2024年计算化学公社举办的计算化学程序和DFT泛函的流行程度投票结果
http://sobereva.com/706http://bbs.keinsci.com/thread-45272-1-1.html

看下面网页里的GROMACS常识性介绍了解为什么首推GROMACS算这种问题
北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2025-6-17 04:33:17 | 只看该作者 Only view this author
当前问题和量子化学毫无直接联系,别发到量子化学版块。这次给你移动了,以后注意!
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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