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[Sobtop] 如何在SOBtop中插入glycam力场

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我想用sobtop生成多糖的top文件用于分子动力学模拟,但是Sobtop里面好像没有专用的糖力场文件,我想把glycam官网上面下载的力场加入到sobtop里面,来生成对应的top文件,各位大佬,具体如何操作

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发表于 Post on 2025-7-17 03:41:06 | 只看该作者 Only view this author
唐观星 发表于 2025-7-17 00:35
感谢大佬,我想用esp来预测我的反应位点,应该是要进行范德华力表面着色以及极值点分析,我找到的方法就 ...

那叫范德华表面,不叫范德华力表面

正确拼Multiwfn

用gbw转成的molden当Multiwfn的输入文件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-17 00:35:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-7-16 08:39
“做一下ESP”指代不明。说具体到底算什么,静电势分析手段多了去了,下面的帖子里我的博文就列了一大堆
...

感谢大佬,我想用esp来预测我的反应位点,应该是要进行范德华力表面着色以及极值点分析,我找到的方法就是通过multwifn生成ORCA的输入文件,然后再通过ORCA生成.gbw文件,再将gbw文件转化,然后运行脚本

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发表于 Post on 2025-7-16 09:14:40 | 只看该作者 Only view this author
唐观星 发表于 2025-7-16 00:23
可以的,不过我没有采用glycam的方法继续生成,因为我有个氯乙酸分子,需要构建到统一力场里面,所以我用 ...

好的好的 谢谢你

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发表于 Post on 2025-7-16 09:13:31 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师

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发表于 Post on 2025-7-16 08:42:31 | 只看该作者 Only view this author
ztymeow 发表于 2025-7-12 11:17
您好,我遇到了类似的问题,请问可以分享一下glycam力场文件或者链接吗,万分感谢

http://glycam.org/
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发表于 Post on 2025-7-16 08:39:58 | 只看该作者 Only view this author
唐观星 发表于 2025-7-16 00:37
感谢大佬,这个建模我用charmmgui做了,我现在想用得到的结构做一下ESP,请问有没有采用ORCA避开高斯的方 ...

“做一下ESP”指代不明。说具体到底算什么,静电势分析手段多了去了,下面的帖子里我的博文就列了一大堆
静电势与平均局部离子化能相关资料合集 http://bbs.keinsci.com/thread-219-1-1.html

Multiwfn做静电势相关分析完全不需要非得有Gaussian,仔细看下文
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-16 00:49:48 | 只看该作者 Only view this author
student0618 发表于 2025-7-12 14:13
Amber官网下载或者Anaconda装AmberToold就有哦。

感谢大佬,已经解决了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-16 00:37:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-7-6 08:31
对于糖,建议用免费的AmberTools里的leap产生glycam力场的拓扑文件,然后acpype转成gromacs的格式。生物大 ...

感谢大佬,这个建模我用charmmgui做了,我现在想用得到的结构做一下ESP,请问有没有采用ORCA避开高斯的方法生成multiwfn所需要的文件进行ESP的计算

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-16 00:23:58 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 唐观星 于 2025-7-16 00:32 编辑
ztymeow 发表于 2025-7-12 11:17
您好,我遇到了类似的问题,请问可以分享一下glycam力场文件或者链接吗,万分感谢

可以的,不过我没有采用glycam的方法继续生成,因为我有个氯乙酸分子,需要构建到统一力场里面,所以我用了charmmgui网站,更加方便。
这个其实在glycam的官网上面可以下到,其可以去选一下你要用的是哪种多糖的力场

leaprc_GLYCAM_06j-1_2014-03-14.gz

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发表于 Post on 2025-7-12 14:13:35 | 只看该作者 Only view this author
Amber官网下载或者Anaconda装AmberToold就有哦。
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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发表于 Post on 2025-7-12 11:17:58 | 只看该作者 Only view this author
您好,我遇到了类似的问题,请问可以分享一下glycam力场文件或者链接吗,万分感谢1638974652@qq.com

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发表于 Post on 2025-7-6 08:31:00 | 只看该作者 Only view this author
对于糖,建议用免费的AmberTools里的leap产生glycam力场的拓扑文件,然后acpype转成gromacs的格式。生物大分子体系,蛋白质、糖、核酸,都应当用专门的工具
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