关于高斯QST2找过渡态的问题

catenarygong · 发表于 Post on 2017-4-2 18:54:24

最近在研究一个分子的二聚，初步考虑是分子的双键发生[2+2]环加成生成四元环

所以考虑用QST2方法找一下过渡态

但是产物的结构好确定，把环加成结果优化一下就得了
优化结果的核磁荧光和紫外吸收都符合实验结果

底物就不知道怎么办，因为是两个分子，摆在一起优化的话两个分子只是越跑越远，好像很难收敛到一个固定的conformation

PESPES · 发表于 Post on 2023-6-12 22:12:53

wangnong07 发表于 2023-6-12 12:33
QST2中的两个分子可以用笛卡尔坐标吗？

可以，但是原子顺序得一致

wangnong07 · 发表于 Post on 2023-6-12 12:33:34

QST2中的两个分子可以用笛卡尔坐标吗？

catenarygong · 发表于 Post on 2017-4-3 16:36:06

liyuanhe211 发表于 2017-4-2 23:52
不是“更合适一点”，而是如果反应确实发生在激发态，用基态找过渡态没有意义。

现在的情况是不确定反应是否是在激发态发生
到底是基态可以发生，激发促进（降低能垒）
还是基态不能发生，激发态才能发生

即使确定了激发态发生，也很难说具体是在哪个激发态势能面上发生的，S1还是S2，还是SN，甚至三线态

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-4-2 23:52:19

catenarygong 发表于 2017-4-2 23:20
OK，我再尝试一下

而且我猜测我这个反应是发生在S1态的而不是基态，所以是否优化TD的第一个根更合适一 ...

不是“更合适一点”，而是如果反应确实发生在激发态，用基态找过渡态没有意义。

catenarygong · 发表于 Post on 2017-4-2 23:20:12

liyuanhe211 发表于 2017-4-2 22:56
用opt=TS。同时注意正确进行溶剂化。
两正电荷物种间的反应存在无过渡态的可能，需注意。
QST2方法并非 ...

OK，我再尝试一下

而且我猜测我这个反应是发生在S1态的而不是基态，所以是否优化TD的第一个根更合适一点？

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-4-2 22:56:52

本帖最后由 liyuanhe211 于 2017-4-2 23:09 编辑

catenarygong 发表于 2017-4-2 20:50
关键问题就是不是两个中性分子，是两个带正电荷的吡啶盐啊

用opt=TS。同时注意正确进行溶剂化。
两正电荷物种间的反应存在无过渡态的可能，需注意。
QST2方法并非非要两边结构都要优化至极小点才行，摆的差不多、“像是在反应路径上”也能得到结果。但仍远不如TS直接

catenarygong · 发表于 Post on 2017-4-2 20:50:21

liyuanhe211 发表于 2017-4-2 20:07
直接用TS寻找过渡态，QST2蠢。
另外一般两个中性、“正常”的分子摆放合适、计算级别合理在分子从很近到无 ...

关键问题就是不是两个中性分子，是两个带正电荷的吡啶盐啊

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-4-2 20:07:08

直接用TS寻找过渡态，QST2蠢。
另外一般两个中性、“正常”的分子摆放合适、计算级别合理在分子从很近到无穷远的过程中是有极小的

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[新手求助] 关于高斯QST2找过渡态的问题

评分 Rate