有关GROMACS模拟Fmax未小于设定值问题

tracyKTV · 发表于 Post on 2017-4-3 18:16:57

我想请教一下老师们在进行GROMACS em模拟中始终出现类似于类似于下列的字样达不到Fmax小于设定值是什么原因造成的呢？Stepsize too small, or no change in energy.Converged to machine precision,
but not to the requested precision Fmax < 10

Double precision normally gives you higher accuracy.

writing lowest energy coordinates.

Steepest Descents converged to machine precision in 117 steps,
but did not reach the requested Fmax < 10.
Potential Energy  =  9.5579719e+04
Maximum force    =  8.2280664e+04 on atom 5488
Norm of force    =  1.3712673e+03
模拟采用的是steep和cg算法交替计算，nsteps都是设置的10000，但一般到100步左右就终止了

jumingdong · 发表于 Post on 2022-3-15 18:40:42

请问楼主解决了吗

tracyKTV · 发表于 Post on 2017-4-4 10:46:34

sobereva 发表于 2017-4-4 05:02
当前这个提示是因为用的单精度gmx版本，由于浮点运算精度有限，某些时候优化到一定程度就优化不下去了，即 ...

谢谢sob老师提醒！我再试试

tracyKTV · 发表于 Post on 2017-4-4 10:42:34

ruanyang 发表于 2017-4-3 20:19
将上一步EM优化得到的最终构型作为下一步EM模拟的初始构型，多次交替使用 steep or cg 方法进行EM的过程， ...

感谢老师耐心答复！我再试试，谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2017-4-4 05:02:22

当前这个提示是因为用的单精度gmx版本，由于浮点运算精度有限，某些时候优化到一定程度就优化不下去了，即便此时离极小点可能还差得挺远。
可以如提示所说用双精度版本。

但也要搞清楚做EM的目的是什么，通常只是为了之后能正常跑动力学而不至于一开始就崩，你可以先用当前得到的结构做一下MD，如果能正常跑起来就不用管当前这个提示。

ruanyang · 发表于 Post on 2017-4-3 20:19:04

将上一步EM优化得到的最终构型作为下一步EM模拟的初始构型，多次交替使用 steep or cg 方法进行EM的过程，直到最终的Fmax小于设定值即可！

nsteps 只是设定EM的模拟步数，并不是一定要执行这么多步。同时你饿Fmax <１０设定的非常小。可能在之前的１００步模拟过程中，体系的能量变化不是很大，所以程序就自动终止了优化过程！

可以考虑将：　Ｆｍａｘ的设定值增大！

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