应如何提速对173个原子约束优化？

Jiang127127 · 发表于 Post on 2025-7-29 18:07:16

在拜读卢老师关于构想搜索和Xtb的帖子后（使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索 - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社：将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元；使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索 - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社）在利用crest程序节约xtb批量优化大量结构阶段的耗时学习中，固定四个原子后，进行crest约束优化计算，文件已压缩上传

TS2-A.zip (6.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 0) ，发现crest预估计时间达到了2432h,运行九天后刚算完MTD Iteration 1，便结束了任务，crest.sh运行脚本如下，

TS2-A.constraints,约束优化文件如下：

crest.out.文件如下：

也尝试了使用GFN0-xTB等加快计算，虽然预估时间算短到了5天半

但在阅读卢老师帖子后发现该方法精度不好，不适用于过渡态搜索，请问对于173个原子的大体系这种应该怎样进行构想搜索呢？

sobereva · 发表于 Post on 2025-7-31 12:41:09

Jiang127127 发表于 2025-7-31 11:22
感谢sob老师！我再次学习帖子，还是有些困惑，想向您请教173个原子这样的大体系过渡态构象搜索问题，在阅 ...

你这个体系可旋转的键没那么多，很多键没必要考虑旋转
下文就是明确的例子，跑分子动力学得到traj.xyz就完了。跑普通的分子动力学和跑MTD完全是两码事。切勿把跑普通的分子动力学默认为跑很小众向的MTD
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html（http://sobereva.com/532）

Jiang127127 · 发表于 Post on 2025-7-31 11:22:17

本帖最后由 Jiang127127 于 2025-7-31 11:46 编辑

sobereva 发表于 2025-7-29 20:51
帖子里的做法仅仅用了crest批量调用xtb做优化任务，根本不牵扯跑MTD。再仔细看帖子。跑MTD完全是绕弯路

感谢sob老师！我再次学习帖子，还是有些困惑，想向您请教173个原子这样的大体系过渡态构象搜索问题，在阅读Molclus FAQ - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元帖子后，我明白找到一个过渡态结构后后，要先用gentor产生各种构象初始结构，

但在这篇使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索 - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社帖子中提到，旋转键不多（<7）的结构适合用gentor产生构象初始结构

对于构想搜索的过渡态结构，可旋转键多达20以上，不适合使用gentor，xtb产生构象不能约束优化，也不合适，请问这种情况推荐使用什么程序产生构象初始结构呢？

sobereva · 发表于 Post on 2025-7-29 20:51:25

帖子里的做法仅仅用了crest批量调用xtb做优化任务，根本不牵扯跑MTD。再仔细看帖子。跑MTD完全是绕弯路

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