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[CP2K] 求助CP2K计算透明质酸在锌表面的吸附时,进行结构优化,能量升高,小分子结构被破坏

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本帖最后由 jamesl 于 2025-7-31 12:41 编辑

各位好,我在使用CP2K计算透明质酸在锌表面的吸附时,对透明质酸进行了结构优化,在优化过程中,能量始终在升高,而且分子原有的结构被破坏,发生了明显的变形。
使用Multiwfn生成了输入文件,使用的泛函为PBE,基组为DZVP-MOLOPT-SR-GTH,截断能和相对阶段能分别为1000和90Ry,采用了三维周期性边界条件,为了与锌的计算参数一致,开启了smearing,输入文件如下,请问应该如何解决这一问题

屏幕截图 2025-07-31 122726.png (198.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

初始结构

初始结构

屏幕截图 2025-07-31 122741.png (184.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

最终结构

最终结构

ha-opt.inp

6.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

使用的输入文件

out-and-traj.zip

515.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

输出文件和轨迹

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发表于 Post on 2025-8-1 00:53:37 | 只看该作者 Only view this author
透明质酸是聚合物吧,从建模的角度先确认下你截出来的这一部分的合理性。然后这么多羟基羧基考虑下溶剂的效应?

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发表于 Post on 2025-7-31 13:25:17 | 只看该作者 Only view this author
jamesl 发表于 2025-7-31 12:41
sob老师,我上传了输出文件和轨迹文件,请您看看是什么问题

把D4改成D3再试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-31 12:41:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-7-31 12:37
没有输出文件、优化过的轨迹文件没法判断

sob老师,我上传了输出文件和轨迹文件,请您看看是什么问题

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发表于 Post on 2025-7-31 12:37:30 | 只看该作者 Only view this author
没有输出文件、优化过的轨迹文件没法判断
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发表于 Post on 2025-7-31 12:34:49 | 只看该作者 Only view this author
不要自己在标题里手写【求助】这种标签,http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了,以后注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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