求助：模拟纳米粒子与细胞膜胞吞作用，纳米粒子不进入膜中

YiXianNanMo · 发表于 Post on 2025-8-18 17:31:01

使用的方法及软件

（1）使用的gromacs版本: 2024.3
（2）使用的力场： Martini2力场，使用的详细力场文件
（3）能量最小化后进行平衡
所使用的文件，见附件

sphere.zip (744.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)
出现的问题：纳米粒子不进入细胞膜，只在上下左右运动

tptp · 发表于 Post on 2025-9-17 15:41:16

Ctl 发表于 2025-9-16 11:49
这个问题解决了吗哥

施加外力去拉动，你要想纯观察到分子跨膜，这个没见过

Ctl · 发表于 Post on 2025-9-16 11:49:13

这个问题解决了吗哥

tptp · 发表于 Post on 2025-8-22 17:52:04

用pull去拉动

滴滴哒 · 发表于 Post on 2025-8-20 15:08:01

目前不做牵引的话，貌似很难实现跨膜呢

fffff · 发表于 Post on 2025-8-19 10:41:14

本帖最后由 fffff 于 2025-8-19 10:42 编辑

不人为施加外力基本只能模拟到吸附过程，可以参考
Luping Ou, Haibo Chen, Bing Yuan, and Kai Yang
ACS Nano 2022 16 (11), 18090-18100
DOI: 10.1021/acsnano.2c04774
用伞形采样模拟纳米颗粒跨膜过程，即人为对纳米颗粒z方向施加外力使其跨过细胞膜，通过拉伸过程中ΔG的变化考察不同纳米颗粒跨膜的难易程度

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[GROMACS] 求助：模拟纳米粒子与细胞膜胞吞作用，纳米粒子不进入膜中

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