求助蛋白-配体rmsd分析波动大后续处理

王肖索

各位老师好，我进行了MD500ns之后,进行rmsd分析，只分析蛋白是没问题的，但是蛋白与整体进行分析rmsd波动就很大（复合体系有配体），后续进行过团簇处理（蛋白配体分一组），但是团簇后整体波动如图（前期波动大后期平稳）我想问一下老师，蛋白处理没问题，但是整体出现这种是什么情况，我要怎么进行处理，先谢谢各位老师了

王肖索

sobereva 发表于 2025-8-28 04:05
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-271 ...

sob老师我前面用的是-pbc mol，我如果要算蛋白和整体的rmsd,用gmx trjconv结合-pbc cluster生成xtc的话（配体不越过盒子）那么我clustering和centering怎么选择，output输出整个系统吗？

sobereva

谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

仔细看上文RMSD部分的说明
恰当处理轨迹，从而令VMD里看不到配体越过盒子导致的坐标突变，自然就不会这样

tptp

选一个蛋白最中间的原子，新建一个组，这个组就包含这一个原子，以这个原子居中你再试试。

jamesl

这应该是蛋白跨盒子导致的，处理一下pbc条件就不会有突变了