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[GROMACS] 购机配置与软件版本如何搭配

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看了ls的这个购机配置链接http://sobereva.com/444,计划按文中如下这个配置来购机。计划安装单一系统Ubuntu 22.04.3 LTS,那么,该选择哪个版本的gromaxs软件合适呢GPU加速做分子动力学的推荐配置
极高性能分子动力学服务器推荐配置
CPU:AMD Ryzen 9 9950X(16核,散片,集显)
主板:技嘉B650M AORUS ELITE 小雕
CPU、主板套装价约4850
散热器:酷冷至尊暴雪T620S  170
硬盘:希捷 银河企业级 8TB 256MB 7200rpm SATA3 (ST8000NM017B)  1430
显卡:技嘉RTX5090 D v2 魔鹰OC 17000
内存:2*金士顿FURY 32GB DDR5-5600  2*680
电源:先马XP1200 700
机箱:先马黑洞PRO 250
键盘鼠标:罗技MK200 有线键鼠套装  80
总价:约27300

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发表于 Post on 2025-9-26 00:37:06 | 只看该作者 Only view this author
houping 发表于 2025-9-25 12:00
嗯嗯,不同原子数体系确实差别很大,做这个模拟使用CPU默频就可以了吗,超频的话网上难以找到可以长时间 ...

用默认的频率调节机制,有负载时频率自动会提上去,对于计算的目的这就足够了,不要用过于激进的超频方式
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-25 12:00:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-24 22:03
没法这么问
耗时低和耗时高的模拟能相差100倍
我只能说如果这样的机子还跑不动的话,一般研究者可以企 ...

嗯嗯,不同原子数体系确实差别很大,做这个模拟使用CPU默频就可以了吗,超频的话网上难以找到可以长时间压得住温度的散热器

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发表于 Post on 2025-9-24 22:03:36 | 只看该作者 Only view this author
houping 发表于 2025-9-24 11:58
请问下老师,按老师推荐的极高性能分子动力学模拟配置,做一个模拟通常需要多长时间呢,酷冷至尊暴雪T620 ...

没法这么问
耗时低和耗时高的模拟能相差100倍
我只能说如果这样的机子还跑不动的话,一般研究者可以企及的计算条件下就基本没戏了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-24 11:58:31 | 只看该作者 Only view this author

请问下老师,按老师推荐的极高性能分子动力学模拟配置,做一个模拟通常需要多长时间呢,酷冷至尊暴雪T620S对CPU的散热是否能达到要求啊

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-2 14:57:31 | 只看该作者 Only view this author
abin 发表于 2025-9-2 14:25
买你能买到的全新的容量最小的价格能接受的.

通用空间, /usr/local, /opt

好,明白了,非常感谢

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发表于 Post on 2025-9-2 14:25:54 | 只看该作者 Only view this author
houping 发表于 2025-9-2 14:00
这样的A硬盘有推荐不,多大合适,除了装系统和gromacs,后绪预计会安装amber/薛定谔对接软件等

买你能买到的全新的容量最小的价格能接受的.

通用空间, /usr/local, /opt
可以采用ln -s 放在/home下面....

以上操作不明白的话, 找个AI辅助一下.

当然不限于/usr/local /opt目录.

^_^
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-2 14:00:30 | 只看该作者 Only view this author
abin 发表于 2025-9-2 12:54
让商家送一个价值200元的硬盘, 单独用作系统盘吧.
以免因为系统高挂了, 安装系统的时候, 把自己数据搞没 ...

这样的A硬盘有推荐不,多大合适,除了装系统和gromacs,后绪预计会安装amber/薛定谔对接软件等

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-2 13:50:22 | 只看该作者 Only view this author
liuyuje714 发表于 2025-9-2 11:24
2024或者2025系列,尤其是2024.6或者最新2025.3,2024系列只有这个版本支持RTX50系列显卡,记得CUDA一定要 ...

谢谢

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发表于 Post on 2025-9-2 12:54:19 | 只看该作者 Only view this author
让商家送一个价值200元的硬盘, 单独用作系统盘吧.
以免因为系统高挂了, 安装系统的时候, 把自己数据搞没有了.

A硬盘只用来做系统
B硬盘只用来做用户数据,

在安装系统的时候, 如果没啥概念, 可以把机械硬盘的数据线/电源线拔掉.
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-2 12:30:16 | 只看该作者 Only view this author

赞,严谨

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发表于 Post on 2025-9-2 11:27:27 | 只看该作者 Only view this author
那叫gromacs
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发表于 Post on 2025-9-2 11:24:01 | 只看该作者 Only view this author
2024或者2025系列,尤其是2024.6或者最新2025.3,2024系列只有这个版本支持RTX50系列显卡,记得CUDA一定要安装大于等于12.8的版本。

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