关于钙钛矿表面跑有机物分子动力学的报错

alenrose · 发表于 Post on 2025-11-28 00:47:22

各位老师好，我想跑193个有机物分子在钙钛矿表面的分子动力学模拟。首先通过packmol建立钙钛矿分子,然后通过sobtop分别得到钙钛矿和这个有机物的top文件。并通过gmx insert-molecules -f FAPbI3.gro -o FAPbI3-4ADH.gro -ci 4ADH.gro -nmol 193得到我想要的gro文件。并在sob老师“无限延展的石墨烯+纳米水粒”这一节的em.mdp和md.mdp文件下能量极小化和分子动力学模拟，却报了如下的错误，以下是我的输入文件和建模。请问各位老师，有没有很好的解决方法

alenrose · 发表于 Post on 2025-11-28 10:51:03

sobereva 发表于 2025-11-28 10:47
完全缺乏常识
基于GAFF的拓扑文件哪能include GROMOS的forcefield.itp，完全不兼容
而且竟然原子电荷也根 ...

好的好的

sobereva · 发表于 Post on 2025-11-28 10:47:20

完全缺乏常识
基于GAFF的拓扑文件哪能include GROMOS的forcefield.itp，完全不兼容
而且竟然原子电荷也根本没设
普通有机分子用DRIH做什么。认真把http://sobereva.com/soft/Sobtop从头到尾看一遍
并且跑成功单一组分之前别跑混合物，看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8了解排查问题的逻辑

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