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[GROMACS] 石墨烯-离子液体-乙腈体系分子动力学模拟求助

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已经找到离子液体OPLS2009IL/OPLSVSIL力场,石墨烯使用CAFF力场,因为计算的离子液体含B所以第一时间没考虑CAFF力场,后来在看到sob老师说可以用UFF力场计算B,其他用CAFF。想请问1.如何得到石墨烯用OPLS力场参数,2.OPLSAA与OPLSVSIL及OPLS2009IL之间可以混用吗?

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发表于 Post on 2025-12-10 22:09:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-12-10 21:54
没有叫sobtio的东西

TIP3P是独立的水模型,不是OPLS-AA定义的。如果你是指OPLS-AA目录下的TIP3P的拓扑 ...

不好意思sob老师,打错了是sobtop,明白了,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2025-12-10 21:54:10 | 只看该作者 Only view this author
sj12138 发表于 2025-12-10 20:41
sob老师,我想问一下sobtio创建的小分子的GAFF力场和oplsaa中的tip3p力场兼容吗?

没有叫sobtio的东西

TIP3P是独立的水模型,不是OPLS-AA定义的。如果你是指OPLS-AA目录下的TIP3P的拓扑文件,显然不兼容,而应该用AMBER目录下的TIP3P拓扑文件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-12-10 20:41:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-12-4 14:49
没有叫CAFF的东西
sobtop创建基于GAFF的石墨烯的拓扑文件,B用UFF原子类型,离子液体也同样用sobtop创建GA ...

sob老师,我想问一下sobtio创建的小分子的GAFF力场和oplsaa中的tip3p力场兼容吗?

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发表于 Post on 2025-12-5 11:29:50 | 只看该作者 Only view this author
asss 发表于 2025-12-4 15:51
谢谢sob老师纠正。对于离子液体使用GAFF,B单独使用UFF的合理性似乎缺少充分的证明。

B就区区一个原子,UFF又是广为使用的力场,没什么可质疑的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-4 15:51:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-12-4 14:49
没有叫CAFF的东西
sobtop创建基于GAFF的石墨烯的拓扑文件,B用UFF原子类型,离子液体也同样用sobtop创建GA ...

谢谢sob老师纠正。对于离子液体使用GAFF,B单独使用UFF的合理性似乎缺少充分的证明。

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发表于 Post on 2025-12-4 14:49:32 | 只看该作者 Only view this author
没有叫CAFF的东西
sobtop创建基于GAFF的石墨烯的拓扑文件,B用UFF原子类型,离子液体也同样用sobtop创建GAFF拓扑文件描述,是十分理想的。GAFF描述离子液体足够好在J. Phys. Chem. B, 119, 18, 5882–5895 (2015)充分证明了。
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