用AutoDockTools1.5.7对接分子与蛋白：氢键少、能量相近，是哪里出问题了吗？

wqm

大家好，我在对接蛋白与分子是遇到了一些问题，想请教一下.
我目前的思路是：
先用分子1与蛋白做分子对接，看能否浮现文献中的结合模式；随后我做了几个该分子1的类似物（接了些基团或做了替换），想通过继续对接来验证结构-活性关系。在对接过程中，对从PDB上下载的原蛋白，只是去掉了分子1，其他保持不变（原蛋白结构中还存在其他配体，但我都没有删），对接口袋也是选择的文献中的那个大致范围。
但实际操作中遇到几个困惑：
1. 分子1对接蛋白的 binding energe 约为 -7 kcal/mol，原文献中氢键数量七八条，但我对接结果中用 PyMOL 可视化后，只有一两条氢键。我不太确定是 AutoDockTool1.5.7 本身对氢键预测有限，还是 PyMOL 默认的氢键识别不完整。
2. 我对接的分子1类似物的 binding energe 也差不多是 -7 kcal/mol。这导致我无法比较不同分子的结合优劣，也不能通过“对接不上/能量变差”来判断结构改造是否合理。
想请教大家：

• 这种情况下，我对接的整体思路是否有问题？
• 分子1与其类似物的 binding energe 能量相差不大，是否能从其他方面看出结合的优劣？
• 用 AutoDockTools1.5.7 是否可行，应该换对接软件进行对接吗？
  

非常感谢任何建议！

王宝金

wqm 发表于 2025-12-11 10:59
复现的结果和文献差不太多，除了再PyMOL中显示的氢键有点少之外，整体位置、构象都挺接近的，但我用其他 ...

如果文献是通过结晶的方法得到的复合体，分子1整体的构象和文献中十分接近，类似物的构象和文献整体差异大，那我觉得可以根据这个现象说这些类似物对接效果不行，但你只做对接的话，这一块肯定是经不起深挖的。如果文献也是对接的话，那你想得到你的那个目的就有些强词夺理，更经不起深挖，但不是不行。最好是做个动力学模拟，如果你只是为了补一数据使自己的故事更好那不做模拟，强词夺理一下也可以。个人观点

student0618

除氢键定义或对接程序的不同，也可能原文献是用其他工具如 https://plip-tool.biotec.tu-dresden.de/plip-web/plip/index 生成PyMOL session而非直接用PyMOL判断氢键。

wqm

王宝金 发表于 2025-12-10 12:54
对接口袋也是选择的文献中的那个大致范围这一步的大致范围是值盒子的大小大致一样还是什么，除了大小要接近 ...

复现的结果和文献差不太多，除了再PyMOL中显示的氢键有点少之外，整体位置、构象都挺接近的，但我用其他分子1类似物做对接时，binding energe没太大变化，但配体的构象发生了一些改变，这样是不是就不能说明对接效果不好？（我的目的是想说这些类似物的对接效果不如分子1好）

wqm

boqiang 发表于 2025-12-10 11:29
首先你的操作就不对。分子对接需要对蛋白及小分子进行处理，比如去水（非催化），加氢，电等操作；
1. pym ...

去水了，加氢和电在AutoDock里面操作的，最开始试了一下把盒子包裹整个蛋白，但对接结果很不好，于是我后面只删了原蛋白中的分子1，盒子也只包裹住原来的那个结合位点（稍大一些），这样复现虽然在PyMOL中氢键显示可能不大对，配体整体的位置和构象都蛮接近的，这样操作是不是不太对？我应该把原蛋白中所有配体都删掉，只剩个蛋白的结构，再进行对接吗，还望指教，感谢！

王宝金

对接口袋也是选择的文献中的那个大致范围这一步的大致范围是值盒子的大小大致一样还是什么，除了大小要接近一样，盒子的中心要尽量也保持一致，但是分子对接的软件太多了，而且重复性很低，我觉得主要是看配体所处的一个位置和构象，你分子1附近的残基是不是和文献一致，氢键的判定在可视化软件上也存在差异，pymol中识别的氢键，在DS上有的时候就不会被识别

student0618

AutoDockTools 是可视化介面，AutoDock4或AutoDock Vina才是对接程序。

要和文献对比先看看Binding mode是否一样。

PyMOL的氢键判断可调整的，要复现文献就再看它定义的氢键键长键角。

boqiang

首先你的操作就不对。分子对接需要对蛋白及小分子进行处理，比如去水（非催化），加氢，电等操作；
1. pymol对氢键可以识别；
2. 首先做redocking是有必要的，不同对接软件对接的结果都不同，不想优化参数可以先挑选合适的软件；
3. 可以结合md；