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[综合交流] gaussian计算小分子结合蛋白质过程中去溶剂化能是否需要结构优化?

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本帖最后由 ZDcccA 于 2025-12-10 11:00 编辑

最近在学习如何将QM应用于端点法下蛋白质配体结合自由能计算。除了QM-MM/PB(GB)SA外,有一种QM计算真空结合自由能再加上配体去溶剂化项的估算方法:

溶剂环境下小分子结合蛋白质后,与蛋白质口袋直接接触部分经历去溶剂化。
在文献中这部分去溶剂化能可根据以下方式进行估算:

首先要计算小分子(配体)溶解自由能。
使用的结构是PDB复合物晶体结构使用AMBER10+EHT做0.5A原子位置约束的GB/VI隐式溶剂环境下的限制性结构优化之后的结构,SASA与真空结合自由能均基于此结构直接计算得到。

问题是:
该结构下小分子结合蛋白有特定的pose,在计算小分子溶解自由能时,是否应该再次B3LYP/6-311G*下单独结构优化(之后M05-2X/6-31g*下计算真空与SMD溶剂模型下能量差),还是可以直接M05-2X/6-31g*下计算单点能(真空与SMD溶剂模型下单点能的差)?
若再次单独对小分子进行结构优化,担心可能与其原pose下的能量有差别;若不进行结构优化,直接单点能部分配体会出现SCF不收敛的情况(因为结构不够合理?)

希望各路大神不吝赐教

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