无法计算重现出文献中的分子结构

xiewei

请问一下老师，我想重现文献中的一个结构，结构如图1所示，图2是我优化出来的结构图，看起来区别挺大的，文献中用的计算方法是B3LYP/6-311G(d,p) em=GD3BJ，我是用的B3LYP/6-31G(d) em=GD3BJ，我想先用更小的基组先初步优化一下再用文献中的基组进一步优化。想请问一下需要怎么做才能得到图1的结构呢？附上了我优化后另存的gif文件：gau00001.gif。

xiewei

sobereva 发表于 2025-12-27 02:39
那叫gjf不叫gif

把初始结构尽可能摆得和文献里的图一样（如果文献SI里给了坐标直接用），直接用和文章里 ...

好的，谢谢老师

xiewei

wal 发表于 2025-12-26 19:50
建议把文献贴出来。这么大体系用3ζ基组优化我感觉不像是专业的人做的，搞不好有别的问题

你好，文章标题是：On the Conformation of Dimeric Acceptors and Their Polymer SolarCells with Efficiency over 18%( https://doi.org/10.1002/anie.202302888)，
可以麻烦看一下吗

sobereva

那叫gjf不叫gif

把初始结构尽可能摆得和文献里的图一样（如果文献SI里给了坐标直接用），直接用和文章里精确相同的B3LYP-D3(BJ)/6-311G*优化。如果得到的结构仍有明显差异，并且你的有虚频，发邮件找作者要原始文件（或者优化后的坐标）；如果基于他的结构当初始结构优化后变形严重，问作者；如果作者解释不清楚，大概率是造假，或者文章隐瞒了关键信息。


参考
谈谈重复不出来计算化学文献里的数据的可能原因
http://sobereva.com/678（http://bbs.keinsci.com/thread-38911-1-1.html）

wal

建议把文献贴出来。这么大体系用3ζ基组优化我感觉不像是专业的人做的，搞不好有别的问题