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[波函数分析求助] 求助bader电荷和密度差图分析电荷转移的问题

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各位老师好,请问一下,我在计算bader电荷,已经得到了HisHCl和水的电荷密度差图,有以下几个疑问:
1这个图的黄色是得到电荷的区域,蓝色是失去电荷的区域,这个区域大小能分析出什么吗?
2我用Multiwfn得到AIM电荷,也就是bader电荷(步骤是输入wfn文件,然后是17,1,1,2,7,2,1),那如果我想知道哪个原子对某个原子(比如27号O原子)转移了电子,转移了多少怎么看出来?
因为有很多电子转移,但是不知道谁对27号原子产生影响?
下面是得到的数据:
Normalization factor of the integral of electron density is    0.999996
The atomic charges after normalization and atomic volumes:
      1 (C )    Charge:    0.436268     Volume:    87.677 Bohr^3
      2 (C )    Charge:    0.232242     Volume:    65.105 Bohr^3
      3 (C )    Charge:    0.207970     Volume:    76.939 Bohr^3
      4 (H )    Charge:    0.127124     Volume:    41.802 Bohr^3
      5 (H )    Charge:    0.136687     Volume:    37.662 Bohr^3
      6 (C )    Charge:    0.072245     Volume:    57.719 Bohr^3
      7 (H )    Charge:    0.028805     Volume:    45.359 Bohr^3
      8 (H )    Charge:    0.029867     Volume:    43.895 Bohr^3
      9 (C )    Charge:    0.449148     Volume:    42.758 Bohr^3
     10 (H )    Charge:    0.071859     Volume:    41.894 Bohr^3
     11 (C )    Charge:    0.887211     Volume:    59.851 Bohr^3
     12 (O )    Charge:   -0.939400     Volume:    93.575 Bohr^3
     13 (O )    Charge:   -0.779188     Volume:   118.423 Bohr^3
     14 (C )    Charge:    0.471355     Volume:    50.184 Bohr^3
     15 (H )    Charge:    0.033209     Volume:    43.301 Bohr^3
     16 (H )    Charge:    0.028688     Volume:    43.666 Bohr^3
     17 (C )    Charge:    0.041439     Volume:    69.466 Bohr^3
     18 (H )    Charge:    0.011227     Volume:    47.111 Bohr^3
     19 (H )    Charge:    0.003826     Volume:    47.273 Bohr^3
     20 (H )    Charge:    0.001971     Volume:    47.371 Bohr^3
     21 (N )    Charge:   -1.065457     Volume:   102.577 Bohr^3
     22 (H )    Charge:    0.393957     Volume:    29.086 Bohr^3
     23 (H )    Charge:    0.391586     Volume:    29.198 Bohr^3
     24 (N )    Charge:   -0.727834     Volume:   103.369 Bohr^3
     25 (N )    Charge:   -0.940968     Volume:   104.897 Bohr^3
     26 (H )    Charge:    0.467579     Volume:    25.669 Bohr^3
     27 (O )    Charge:   -1.237975     Volume:   132.846 Bohr^3
     28 (H )    Charge:    0.544495     Volume:    23.476 Bohr^3
     29 (H )    Charge:    0.622065     Volume:     9.409 Bohr^3







202601031727059152..png (71.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

密度电荷差图的结构对应的序号

密度电荷差图的结构对应的序号

202601031725355075..png (167.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

密度电荷差图

密度电荷差图

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发表于 Post on 2026-1-4 01:36:45 | 只看该作者 Only view this author
moiraaa 发表于 2026-1-4 00:42
好的,社长
那如果我想算一个原子对另外一个原子的这种特定的转移电子,应该怎么做?
我目前就只知道 ...

没法做,除非体系就两个原子,原子电荷直接对应于电子转移量

对于>2个原子体系的基态的电子转移,没有任何程序能得到你想要的那种量,因为原理上就不可能,根本就不是程序层面的事。你完全是误解了某程序的功能,或者某程序没交代清楚原理导致了你的严重误会


对于任意体系,通过原子电荷或者密度差的积分,你顶多能得到两个片段之间电子转移量,即片段的净电荷的绝对值。
仅对于电子激发导致的电子转移的情况,才能在CIS/TDDFT框架下通过Multiwfn的IFCT功能得到原子间电子转移量,看
在Multiwfn中通过IFCT方法计算电子激发过程中任意片段间的电子转移量
http://sobereva.com/433http://bbs.keinsci.com/thread-10774-1-1.html

并且把此文看了有益
谈谈怎么考察、计算、分析化学体系的电子密度
http://sobereva.com/715http://bbs.keinsci.com/thread-46380-1-1.html


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-4 00:42:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-1-3 22:19
作者以某种不科学的方式给出的,或者图示有严重歧义。


好的,社长
那如果我想算一个原子对另外一个原子的这种特定的转移电子,应该怎么做?
我目前就只知道一种方法:vasp计算后处理可以得到特定原子转移电荷
但是如果我已经在高斯上算过了呢,只有这一种方法吗?

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发表于 Post on 2026-1-3 22:19:59 | 只看该作者 Only view this author
moiraaa 发表于 2026-1-3 19:29
好的,谢谢社长的分析
我还有一个问题:那这张图上的转移的电子是怎么得到的呢

作者以某种不科学的方式给出的,或者图示有严重歧义。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-3 19:29:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-1-3 19:17
1 用“电子”不要用“电荷”这个词,避免引起歧义,见下文。这里假定你说的是电荷就是指电子
计算化学中的 ...

好的,谢谢社长的分析
我还有一个问题:那这张图上的转移的电子是怎么得到的呢

202601031929013798..png (41.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-3 19:24:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-1-3 19:12
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的,社长,下次一定注意

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发表于 Post on 2026-1-3 19:17:31 | 只看该作者 Only view this author
1 用“电子”不要用“电荷”这个词,避免引起歧义,见下文。这里假定你说的是电荷就是指电子
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html

体现出形成复合物后,由于Pauli互斥,作用区域出现了电子密度降低,相应地两侧区域电子密度有所上升。并且弱相互作用还造成了五元环区域的电子极化


2 无法得到特定原子向特定原子转移了多少电子,只能得到电子数净变化。电子分布怎么改变的要从理论知识角度考虑。O部分电子的增加很大程度来自于上述氢键作用区域的Pauli互斥作用

顺带一提,非常不推荐用AIM电荷,见下文的介绍和对比讨论
一篇深入浅出、完整全面介绍原子电荷的综述文章已发表!
http://sobereva.com/714http://bbs.keinsci.com/thread-46067-1-1.html
《原子电荷计算方法的对比》(http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml
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发表于 Post on 2026-1-3 19:12:01 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “bader电荷计算” 改了,以后务必注意!下次将删帖+扣分处理。
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