求助 镧蛋白和镧离子fep自由能计算崩溃

huchen

请教一下各位大佬 我第一次做fep的自由能计算 计算的是镧离子（3+）和镧蛋白的体系 然后在模拟的时候显示能量爆炸了 想请教一下是不是我的mdp文件设置就有问题 还是我的操作流程不对 我想体系应该是没有问题的 因为在我将free-energy选项关闭后就可以正常计算了
还有一点我不太清楚就是为什么我就算向其中加入了NA和CL离子进行平衡可是仍然会显示体系带有电荷（先将La电荷设置为0 加入NA、CL，最后将电荷改回+3）


附件带有每一步的mdp文件以及部分log文件 还有我的提交任务脚本
恳求指点

huchen

student0618 发表于 2026-1-4 14:40
用什么力场？

蛋白质用的amber19 水模型 opc3p 镧离子是Merz的12-6 hfe

Dempey

做FEP的时候，最好先增长LJ项，再增长Coulomb项。
如FEP教程

In this case, the λ value for Coulombic interactions is always zero while the λ value for transforming van der Waals interactions changes. Then, the van der Waals interactions are fully on (λ = 1.00) while the Coulombic interactions are gradually turned on.

student0618

用什么力场？