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[GROMACS] 求助Gromacs自带smooth wall使用

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楼主
求问各位老师,我想用gromacs自带的墙来模拟受限水溶液,体系是z方向上下各有两个wall,中间夹层是水溶液
但wall_atomtype的选项只能对一个原子类型施加,我的体系里有其他分子,也都应该受到smooth wall的作用,我设置wall_atomtype=水分子中的O,可以对其他分子也进行限制吗
目前我的设置是:
integrator               = md
dt                       = 0.001
nsteps                   = 10000000

nstxout                  = 5000
nstvout                  = 5000
nstfout                  = 5000
nstenergy                = 5000
nstlog                   = 5000

continuation        = no
constraint_algorithm = lincs    ; holonomic constraints
constraints         = h-bonds
lincs_iter          = 1
lincs_order         = 4

nstlist                  = 5
ns-type                  = Grid
pbc                      = xy
rlist                    = 1.0
cutoff-scheme            = Verlet

coulombtype              = PME
pme_order                = 4
fourierspacing           = 0.16
rcoulomb                 = 1.0
vdw-type                 = Cut-off
rvdw                     = 1.0
ewald-geometry           = 3dc


wall_type           = 9-3
wall_atomtype       = OWT4 OWT4      
nwall               = 2
wall_density        = 1000 1000

Tcoupl                   = Nose-Hoover
tc-grps                  = water non-water
tau_t                    = 0.1     0.1
ref_t                    = 260    260

Pcoupl                   = Berendsen
Pcoupltype               = Isotropic      
tau_p                    = 1.0            
compressibility          = 4.5e-5         
ref_p                    = 1.0            






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发表于 Post on 2026-1-7 04:16:09 | 只看该作者 Only view this author
“但wall_atomtype的选项只能对一个原子类型施加” 这是完全错误理解。wall_atomtype设的是虚拟墙上的原子用的原子类型,而不是作用到体系里哪些原子上。所有原子都会感受到wall的势。
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