自由能台阶图的路径选择和建模能否删去原子

喝酸奶的巧乐兹

各位老师们好！最近看到一篇文献计算NH3的分解氧化过程，用自由能台阶图说明能垒变化，这里有一些建模问题想向老师们求教：
1.文献路径为：NH3——NH2——NH——N——NOH——NO，也就是说应该手动设置NH3、NO作为始末态并单独几何优化，然后手动摆放NH2——NH——N——NOH四个过渡态么?
2.在建模NH等过渡态时，失去的两个H是应该直接删去，还是吸附在表面呢？或者是放在盒子的某处呢？
3.在建模NOH过渡态时，得到的OH是应该直接加上呢，还是应该在建NH3时放在盒子的某个位置呢？
恳请各位老师不吝赐教！谢谢！

sobereva

如果每一个横杠对应一个极小点，这并没有确切体现能垒，只能说极小点之间自由能的相对变化
算每一个基元过程的势垒、能量变化，整个过程的化学组成肯定是不变的，解离下去的原子要在旁边呆着。如果牵扯到原子得/失，上一步基元过程的产物和和下一步基元过程的反应物可以不同