求助关于结合自由能MMPBSA计算时的-cg选组问题

科研小白0126 · 发表于 Post on 2026-1-10 00:11:11

本帖最后由科研小白0126 于 2026-1-11 14:56 编辑

各位老师好，我做了一个真空体系下的供受体分子动力学模拟，其中供体五十个，受体分子五十个，我现在想计算结合自由能通过MMPBSA，我本来准备制作index，将供体50个分子为一组，受体50个分子为一组，然后-cg分别选中这两组，但是我想了一下这MMPBSA里的-cg是不是需要具体发生作用的组分之间，因为我看一般这种都是做蛋白质和配体的，是比较具体的可以确定二者有一定作用能的，我这种多分子体系能这么做吗，如果不能各位老师有没有什么好的方法能推荐一下

科研小白0126 · 发表于 Post on 2026-1-11 14:57:45

sobereva 发表于 2026-1-10 22:24
没具体体系没法说
如果是小分子之间的结合自由能，建议用量子化学方法算，看下文
谈谈分子间结合能的构 ...

老师就是上面我更新后的两个分子的体系，体系里面供受体各50个

sobereva · 发表于 Post on 2026-1-10 22:24:14

科研小白0126 发表于 2026-1-10 13:02
好的sober老师，下次我注意，那我这种体系的结合自由能还有什么分析方法吗

没具体体系没法说
如果是小分子之间的结合自由能，建议用量子化学方法算，看下文
谈谈分子间结合能的构成以及分解分析思想
http://sobereva.com/733（http://bbs.keinsci.com/thread-50890-1-1.html）

科研小白0126 · 发表于 Post on 2026-1-10 13:02:43

sobereva 发表于 2026-1-10 01:51
提问的时候把问题描述完整，能结合GROMACS做MMPBSA计算的程序至少有3个，需要把用的程序主动交代清楚。认真 ...

好的sober老师，下次我注意，那我这种体系的结合自由能还有什么分析方法吗

sobereva · 发表于 Post on 2026-1-10 01:51:15

提问的时候把问题描述完整，能结合GROMACS做MMPBSA计算的程序至少有3个，需要把用的程序主动交代清楚。认真看下文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚、完整
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）
脱离具体程序问什么cg选项没有意义

MMPBSA不适用于“供体五十个，受体分子五十个”这种情形。非要用那也是对这种混合物模拟中的一个给体和一个受体之间进行计算，并且在被计算的轨迹中这一对复合物还应该是处于始终结合状态。

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