计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 191|回复 Reply: 11
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Gaussian/gview] 求助:计算锌离子与各种有机小分子结合能的泛函和基组选择

[复制链接 Copy URL]

14

帖子

0

威望

99

eV
积分
113

Level 2 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
老师们好,目前要研究各类有机添加剂对水系锌离子电解液的改善,想要先计算一下锌离子与有机分子的结合能,做一个对比(与锌离子和水的结合能对比,同时各有机分子间也进行比较)。
高斯版本为G09 D0.1
1. 优化和频率计算选择B3LYP/def2SVP和em=GD3,单点能选择B3LYP/def2TZVPPem=GD3BJ可以吗
2. 用于计算RESP电荷的优化和单点能的泛函和基组需要与1中一致吗
3. 所有锌离子+水/有机分子体系都要用genmer+molclus做构型搜索得到吗,能否简单建一个锌离子与一个小分子结合的模型来优化计算
4. 我看卢老师在论坛有回复过锌离子与O的相互作用不属于弱相互作用,故而计算结合能是不是不用算BSSE

14

帖子

0

威望

99

eV
积分
113

Level 2 能力者

12#
 楼主 Author| 发表于 Post on yesterday 20:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-1-22 18:46
1 可以。只需要给带显著负电荷的原子加
2 单个原子不能做opt。其它方面,在写法方面没问题(只不过色散 ...

谢谢老师

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124667

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on yesterday 18:46 | 只看该作者 Only view this author
AnnieXu 发表于 2026-1-22 17:55
sob老师您好,我想再请教一下
1. 硫酸根离子用6-311+G*进行opt和freq,用ma-def2TZVPP算单点能可以吗( ...

1 可以。只需要给带显著负电荷的原子加
2 单个原子不能做opt。其它方面,在写法方面没问题(只不过色散校正此时多余,并且隐式溶剂模型没法描述好单原子离子而必须考虑配位溶剂分子)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

14

帖子

0

威望

99

eV
积分
113

Level 2 能力者

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on yesterday 17:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-1-14 23:57
不需要非得一样,但也没什么理由为了用Multiwfn算RESP电荷而换其它级别、额外浪费计算时间。当前级别算RE ...

sob老师您好,我想再请教一下
1. 硫酸根离子用6-311+G*进行opt和freq,用ma-def2TZVPP算单点能可以吗(弥散是只给O原子加,还是可以给整个分子加呢)
2. 对锌离子用SDD赝势,这样写gjf文件有问题吗
%mem=40GB
%nprocshared=40                           
%chk=Zn.chk                    
# PBE1PBE/genecp opt freq em=GD3 scrf=solvent=water   

Zn

2 1
Zn                   0.33800000    2.47900000    1.85400000

Zn 0
SDD
****

Zn 0
SDD

14

帖子

0

威望

99

eV
积分
113

Level 2 能力者

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-15 09:32:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-1-14 23:57
不需要非得一样,但也没什么理由为了用Multiwfn算RESP电荷而换其它级别、额外浪费计算时间。当前级别算RE ...

好的,谢谢sob老师

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124667

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2026-1-14 23:57:35 | 只看该作者 Only view this author
AnnieXu 发表于 2026-1-14 16:40
感谢sob老师回答
那我opt+freq用PBE0泛函,其中配体6-311G*,Zn用SDD,并加上DFT-D3(0);单点能用PBE0/d ...

不需要非得一样,但也没什么理由为了用Multiwfn算RESP电荷而换其它级别、额外浪费计算时间。当前级别算RESP电荷本来就适合
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

14

帖子

0

威望

99

eV
积分
113

Level 2 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-14 16:40:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-1-14 06:06
泛函建议把B3LYP改成PBE0
算得动的情况,可以opt freq用比def2-SVP略大的,诸如配体6-311G*,Zn用SDD或lan ...

感谢sob老师回答
那我opt+freq用PBE0泛函,其中配体6-311G*,Zn用SDD,并加上DFT-D3(0);单点能用PBE0/def2TZVPP和DFT-D3(BJ),同时我用Multiwfn算有机分子的RESP电荷时,opt与SP也得与上述一致对吗

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124667

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2026-1-14 06:06:16 | 只看该作者 Only view this author
泛函建议把B3LYP改成PBE0
算得动的情况,可以opt freq用比def2-SVP略大的,诸如配体6-311G*,Zn用SDD或lanl2TZ(f)
优化用DFT-D3(0)、单点DFT-D3(BJ)没问题,有说得通的理由(此版本的bug),也不怕审稿人问。D3(0)和D3(BJ)对当前情况优化结果的差异微乎其微。实际上如果配体之间色散作用对结构影响甚微的话(凭结构就能判断),优化也完全可以不带色散校正。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

14

帖子

0

威望

99

eV
积分
113

Level 2 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-13 16:29:33 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2026-1-13 16:17
如果这里用GD3是因为高斯的bug的话,我个人建议是改用ORCA,反正ORCA是免费的。又不是全世界只有高斯一个 ...

谢谢老师的回答

1万

帖子

0

威望

9739

eV
积分
21935

Level 6 (一方通行)

4#
发表于 Post on 2026-1-13 16:17:55 | 只看该作者 Only view this author
AnnieXu 发表于 2026-1-13 15:37
感谢老师回答,希望您能再简单解释一下以下疑惑
1. 因为卢老师在"DFT-D色散校正的使用"博文中提到G09 D. ...

如果这里用GD3是因为高斯的bug的话,我个人建议是改用ORCA,反正ORCA是免费的。又不是全世界只有高斯一个程序能做色散校正,没必要被高斯的bug牵着鼻子走。不然审稿人也早晚会问为什么结构优化和单点能的阻尼形式不统一,并提出既然ORCA免费为什么不用ORCA。
Zn用大基组,指的是所有分子但凡出现Zn,那么Zn用大基组,非Zn元素不用大基组,如果不出现Zn那么所有元素都不用大基组。这不构成基组大小不统一。
构型还是搜一下,起码水分子的氢原子的朝向我觉得不是显然的,不搜没人知道
def2-TZVPP可以不算BSSE,或者说BSSE的贡献远小于泛函误差,因此没必要算
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

14

帖子

0

威望

99

eV
积分
113

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-13 15:37:58 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2026-1-13 12:41
1. 色散校正都写em=GD3BJ。对于B3LYP而言em=GD3相比em=GD3BJ没有任何好处,两者都是瞬间算完,后者略精确一 ...

感谢老师回答,希望您能再简单解释一下以下疑惑
1. 因为卢老师在"DFT-D色散校正的使用"博文中提到G09 D.01的用户如果要算频率的话,还是在零阻尼下优化为宜,故而opt+freq用的GD3
   您提到opt freq时Zn可以用def2TZVP等大一些的基组,这些分子用不同精度的基组是可以的吗?
3. 我的分子是脲的衍生物,个人认为锌离子会与电负性更大的O结合,我是需要搜构型让锌离子周围配位5个水+1个脲吗,还是单独让锌离子与脲中的O原子接近,再进行后续计算?
4. def2TZVPP基组就不用算BSSE了吧

1万

帖子

0

威望

9739

eV
积分
21935

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2026-1-13 12:41:02 | 只看该作者 Only view this author
1. 色散校正都写em=GD3BJ。对于B3LYP而言em=GD3相比em=GD3BJ没有任何好处,两者都是瞬间算完,后者略精确一些。opt freq时Zn可以用def2TZVP等大一些的基组
2. 需要。即使不是严格要求统一,至少可以说没有理由不统一
3. 除非你不搜就知道小分子怎么结合(比如小分子是卟啉这种刚性大环配体,只有一种配位模式),或者有晶体结构等可供参考,否则必须搜
4. 基组够大就不用算。弱相互作用不是一定要算BSSE,非弱相互作用不是一定不能算BSSE(只是不能用counterpoise方法算,用gCP还是可以算的)
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-23 15:16 , Processed in 0.181463 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list