求助：蛋白质与肽的复合物在服务器上进行MD模拟时报错，但本地不会

Cclown

如题所示，肽的pdb结构是由rdkit生成的，分子对接后与受体蛋白质一起变成complex.gro进行后续NVT、NPT平衡
接着对其进行MD模拟
在本地可以顺利跑完，但是时间太长了，所以使用了服务器的gmxmpi进行运行
但是一运行就报错如图所示的错
服务器上的运行脚本如下所示
先在本地用0.5fs跑了250ps，取最后一帧变成2fs继续跑在服务器上继续报错
还望老师们可以解答一下，这个问题能够解决吗？谢谢

Cclown

student0618 发表于 2026-1-23 14:28
跑MD没GPU机器很难的

先试单个cpu有没有报错

老师好，我想问一下他这个用gmx_mpi跑和用gpu的速度差不多嘛？我们学校用的服务器卡死了最低-n要64，感觉是只要用gmx_mpi就报错，但是gmx直接跑就不会，虽然会在运行中出现几行：
step 2500: timed with pme grid 72 72 72, coulomb cutoff 1.000: 598.2 M-cycles
step 2700: timed with pme grid 60 60 60, coulomb cutoff 1.158: 670.0 M-cycles
step 2900: timed with pme grid 64 64 64, coulomb cutoff 1.086: 599.5 M-cycles
step 3100: timed with pme grid 72 72 72, coulomb cutoff 1.000: 614.4 M-cycles
这个东西，但是他可以运行完，20ns本地大概跑5h，所以我想问如果我直接让服务器给我换一个gpu版本的，运行速度能够和gmxmpi多个线程差不多嘛？

student0618

跑MD没GPU机器很难的

先试单个cpu有没有报错