Caver3.0 的蛋白质隧道数据计算错误问题

TowlGol

各位老师同学 大家好！我是做蛋白石Cavity隧道计算与表征的，最近在研究蛋白质隧道的计算。我想问一下大家有没有遇到过Caver隧道计算错误的情况(如图所示，将不同的隧道分为了一类)或者是Caver在计算完隧道后给出的隧道卡口分析错误的情况的数据。再或者具有隧道但难以进行对齐的蛋白质数据。

如果大家有遇到这些问题、有相关数据 或 您有关于蛋白质Cavity计算的相关问题探讨，欢迎您随时联系我：yapengliu69@gmail.com

TowlGol

student0618 发表于 2026-2-3 22:10
资讯不足以判断，图片意义不明，而解说也不够清楚。

具体是怎么得出的结构？蛋白是同一个还是不同的？

感谢提问指正！

图片主要想表述，在蛋白质的两帧中，Caver是否会将不同的隧道通过聚类的方式合并为同一隧道（tunnel 1 = tunnel 2?）。

结构可以是通过MD模拟得出的，蛋白质是同一个。

“有隧道难以对齐”指的是蛋白质难以对齐。由于研究的是隧道因此希望蛋白质有功能隧道。

确实使用MD模拟出来的话，同一参数搜索到不同的隧道很正常。因此我想探究的是Caver在什么情况下会产生隧道错误分类的情况，以及这种错误情况对于隧道的研究的影响有多大。

为此，我希望能有隧道在空间距离相近但化学性质不同的蛋白质数据。

同时，产生错误分类的原因也是由于Caver基于空间聚类的方法。因此，导致空间聚类方法失效的原因也有可能是蛋白质难以对齐。所以，对于难以对齐的蛋白质数据有可能也能一定程度上帮我对问题进行了解。

student0618

资讯不足以判断，图片意义不明，而解说也不够清楚。

具体是怎么得出的结构？蛋白是同一个还是不同的？

什么叫“有隧道但难以对齐”？ 想对齐的是蛋白还是隧道？

如果两个frame是MD模拟出来的话，那因蛋白的柔性用同一参数搜到不同通道很正常。