多线程似乎在动力学模拟中没什么用？

ChaosChiao · 发表于 Post on 2015-1-6 16:23:25

新购的E5-2680V2，20核心40线程，使用AMBER进行模拟，np=16速度明显快于np=32，这样的话多线程还有什么用？还是说有什么方法能解决这个问题？请各位指点

shi891018 · 发表于 Post on 2017-2-7 13:25:24

原来如此，谢谢分享~！

luwis · 发表于 Post on 2015-7-22 00:03:58

看来一切主要靠物理核。

sobereva · 发表于 Post on 2015-1-7 12:50:41

lao7 发表于 2015-1-7 08:00
那计算机会自己处理的时候调用超线程吗？比如，虽然软件不支持超线程，但计算机计算时，为了提高效率，cp ...

从程序角度来说，CPU有没有超线程是一样的。超线程纯粹是Intel为了加快多个程序或多线程程序的运行速度而想出来的进一步压榨CPU闲余处理能力的方法，软件开发者这边该怎么写程序还怎么写程序，不用为超线程技术做什么特殊考虑（除非程序明确地说就是为了Intel的CPU专门进行了优化）。所以不说“软件支不支持超线程”。

理想情况下，可以认为有超线程技术的CPU拥有没有超线程的同规格CPU约115%的处理能力。如果有n个物理核心，那么你调用n个核计算，就正好把100%那部分用了，剩下来的15%，可以干别的。比如你一边做计算，可以一边查毒、玩小型的游戏、压缩文件之类，不会觉得卡，也不会明显拖慢计算速度。但如果不开超线程，那么此时计算任务就把CPU全部处理能力占满了，你再干别的就会觉得卡，后台任务执行也会被拖慢，或者说，你再干其它需要消耗一定CPU资源的事情的时候，计算任务速度会下降比较明显。

如果有超线程，而且你分配了2n个核计算，那么这115%的运算能力就会被完全占满，看似比没有超线程时更快，但由于资源竞争和并行效率问题，也经常可能比只分配n个核计算更慢。

ChaosChiao · 发表于 Post on 2015-1-7 08:44:20

sobereva 发表于 2015-1-6 17:33
那是超线程。和多线程不是一个概念。

有n个物理核心2n个逻辑核心的时候，可能n线程跑更快也可能2n线程的 ...

明白了，谢谢sob！

lao7 · 发表于 Post on 2015-1-7 08:00:28

sobereva 发表于 2015-1-6 21:30
跑量化程序的时候，有超线程的CPU就当成没有超线程来设定调用的内核数就行了。
这些程序不会专门为超线 ...

那计算机会自己处理的时候调用超线程吗？比如，虽然软件不支持超线程，但计算机计算时，为了提高效率，cpu内置程序实际会超线程处理。也就是说，具有超线程的机器还是会比不具超线程的快些，在调用相同核心下。

sobereva · 发表于 Post on 2015-1-6 21:30:53

lao7 发表于 2015-1-6 21:06
不知道gaussian和orca在超线程处理器的支持方面怎么样？

跑量化程序的时候，有超线程的CPU就当成没有超线程来设定调用的内核数就行了。
这些程序不会专门为超线程而做任何特殊的优化和考虑。

lao7 · 发表于 Post on 2015-1-6 21:06:29

不知道gaussian和orca在超线程处理器的支持方面怎么样？

sobereva · 发表于 Post on 2015-1-6 17:33:53

那是超线程。和多线程不是一个概念。

有n个物理核心2n个逻辑核心的时候，可能n线程跑更快也可能2n线程的时候跑更快，取决于程序。诸如gromacs，16核心32线程的机子上，用32线程跑比16线程跑往往要快（取决于体系、参数）。
超线程多出来的一倍逻辑核心是“虚的”，至多能让多线程任务总性能提升20%，但往往由于资源竞争、软件本身并行效率的原因当调用2n核心的时候速度可能比只用n核心的时候更慢。

你有20物理核心，就应当测试20线程和40线程的速度，哪种情况更快就用哪种。但即便40线程更快，也不会比20线程速度提升明显。所以，如果懒得测试的话，简单来说，有多少物理核心，就用多少线程跑，余出来的那点处理能力就负责后台任务

xiaowu759 · 发表于 Post on 2015-1-6 17:29:19

不能这么说，这也取决于体系的大小，体系太小需要的线程要少一些，多了反而速度慢了

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[并行运算] 多线程似乎在动力学模拟中没什么用？