固液体系 能量最小化时报错There are inconsistent shifts over periodic boundaries

云月有期

诸位大佬好 鄙人做了一个固液体系 底部是无机晶面 1440个原子 上面的液体体系时有机酸溶液（包括水分子 使用opc3模型 草酸根 草酸氢根 和水合氢离子）在进行能量最小化时出现了如下错误
Fatal error:
There are inconsistent shifts over periodic boundaries in a molecule type
consisting of 1440 atoms. The longest distance involved in such interactions
is 2.017 nm which is above half the box length. Either you have excessively
large distances between atoms in bonded interactions or your system is
exploding.   

根据这个错误 我首先检查了我得top文件和gro文件的原子对应问题  扩大了盒子(但并没有增加体系分子数目）但依然存在这个问题 希望能得到各位大佬的宝贵见解

云月有期

sobereva 发表于 2026-3-5 08:30
按照http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8说的由简单到复杂的方式一点点排查和测试，每个组成部分单独跑成 ...

谢谢sob老师解答

sobereva

按照http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8说的由简单到复杂的方式一点点排查和测试，每个组成部分单独跑成功了再说组合到一起的事、用wall的事。这种报错极大概率是拓扑文件的锅