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[Lammps] 弛豫过后结构变形严重

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我是构建了一个嵌套碳纳米管结构,管长都为17.22埃,嵌套深度6埃(图1),跟据我参考的文献描述来看:”首先首先对所有初始结构来实现能量最小化。然后在300 K和0 GP的条件下,500 ps的时间内,沿轴向进一步放宽结构,获得平衡态。“这篇文献应该是进行了500ps的npt弛豫。但是当我做的时候,结构没有办法维持原来的嵌套深度,而是内外管回缩,形成了一个双壁碳纳米管结构(如图2),我为了维持嵌套深度,还设置了弹簧组,也就是把内管原子设置为group1,外管原子为group2,然后利用fix spring把他们的质心试图维持在一个固定的值,以为这样就能达到维持嵌套深度。实际上试了很多次都是失败,还尝试过把端头的部分原子设置固定(利用fix setforce 0 0 0),但是在npt阶段显示控温控压失败,温度和压力爆炸了。换成nvt之后盒子尺寸倒是不变,但结构依旧回缩(图3)。
不知道该怎么修改代码了,求大神指教

我的部分代码:
#定义内外管原子组
group inner id 1:168 #内管原子组
group outer id 169:476 #外管原子组

#计算内外管原子组的质心 算出来是11.202195
compute 1 inner com
compute 2 outer com

#把两组原子通过弹性连接的方式组合到一起 fix spring指令
fix 1 inner spring couple outer 2968500 0 0 11.202195 11.202195


202603101522136006..png (52.82 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

图3 改为nvt后的结构

图3 改为nvt后的结构

202603101516103428..png (108.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

图2 我弛豫完后的结构

图2 我弛豫完后的结构

202603101513233486..png (153.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

图1 原始结构

图1 原始结构

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2#
 楼主 Author| 发表于 Post on yesterday 15:26 | 只看该作者 Only view this author
困扰一周了,求老师们指点

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