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[分子对接] 使用Haddock进行核酸蛋白对接时无法进行三分子对接该怎么解决?

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本帖最后由 qiyachen 于 2026-3-12 17:38 编辑

大家好,我是一名在读研究生,目前正在尝试使用Haddock对连接酶和双链DNA分子进行对接,以模拟连接酶连接DNA末端。但是因为初次接触分子对接,还在摸索阶段,很多相关操作还不是很了解,,所以想请教一下大家。

这个对接需要用到连接酶和两个双链DNA分子,但是当我在“Input data”界面上传完这三个PDB文件,并在“input parameter“界面填写好对接活性位点后,点击NEXT却无法进入”docking parameter“界面,而是再次返回了已经填写好的“input parameter“界面,也未见系统报错,导致这个对接项目一直无法提交(各界面如图所示)。而我在进行一蛋白一核酸两分子对接时完全可以进入docking parameter并提交对接项目。



所以想请教一下大家:
  • 以上这种情况是什么原因导致的?又该怎么解决呢?
  • 有无Haddock对接蛋白和核酸的教程推荐?如果您会相关操作可以教一下我吗?
  • 或者有其它对接蛋白和核酸的工具推荐吗?

感谢解答!

附:
在我的操作中input data界面如图:


input parameter界面如图:蛋白质和DNA分子我都只在Molecule 1处填写了Active residues部分,其它保持默认


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发表于 Post on yesterday 17:47 | 只看该作者 Only view this author
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