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[波函数分析求助] amIGM方法分析烟酰胺晶体(C6H6N2O)分子间存在的弱相互作用有关散点图绘制的问题

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我想使用amIGM方法分析一下烟酰胺晶体分子间存在的弱相互作用,之所以使用amIGM方法是想学习一下,而不是真正的分析烟酰胺晶体分子间存在的弱相互作用。我先用CP2K对含有4个分子共60个原子的烟酰胺晶体进行分子动力学模拟,模拟了100帧,算完后得到.xyz文件。按照使用amIGM方法图形化直观展现动态过程中的平均弱相互作用 - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元的方法,我利用最新版Multiwfn对该.xyz文件进行amIGM分析,得到了avgdg_inter.cub、avgsl2r.cub文件和用于绘制散点图的output.txt,Multiwfn也清晰绘制出了黑白色的散点图,如图。但是在使用gnuplot绘制更好看的散点图时,我严格遵循了win+R cmd打开命令窗口,并把output.txt文件复制到gnuplot所在的bin路径里,然后使用.\gnuplot.exe IGMscatter.gnu生成PS文件,期间窗口显示"IGMscatter.gnu" line 19: warning: Skipping data file with no valid points,生成的ps文件打开后除了横纵坐标没有其他东西,我又认真读了一边amIGM的相关内容,并在公社里看其他提问者有没有在散点图方面存在问题,也尝试过把IGMsactter.gnu更换成RDGscatter.gnu或IRIscatter.gnu,但执行命令后都有相似报错,而且均画不出散点图,请问该如何解决这个问题。cp2k生成的.xyz文件和用于绘制散点图的output.txt文件(网盘形式)也贴在这里。
通过网盘分享的文件:output.txt
链接: https://pan.baidu.com/s/14UoYObG-FomcDSReODHYMQ?pwd=vuq8 提取码: vuq8

202603261019419774..png (30.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

Multiwfn绘制散点图

Multiwfn绘制散点图

1-pos-1.xyz

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cp2k生成的xyz文件

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5#
发表于 Post on 2026-3-27 05:45:22 | 只看该作者 Only view this author
不要24小时内在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛里问同一问题,注意看群规(http://sobereva.com/QQrule.html),以及论坛置顶的论坛新社员必读贴。你在1号群已经问过了

群里的我的回复:
如果是分子晶体,应当用mIGM而不是amIGM
对于mIGM,绘制散点图用的是Multiwfn自带的IGMscatter.gnu
并且检查Multiwfn导出的output.txt文件内容确保没问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-3-26 22:32:32 | 只看该作者 Only view this author
还是不行。。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-3-26 16:20:05 | 只看该作者 Only view this author
好吧,我再试试重新生成一下

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发表于 Post on 2026-3-26 15:35:23 | 只看该作者 Only view this author
那个warning应该是说你的output.txt文件里绝大部分数据都是0,这个文件应该是有问题的

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