本帖最后由 方方方 于 2026-3-27 13:00 编辑
最近使用xyzrender绘图，感觉特别美观，于是乎 基于 xyzrender 库的 Web 渲染界面，支持将分子文件渲染为出版质量的 SVG、PNG、PDF 和 GIF。
目录结构
xyzrender_app/
├── app.py # Flask 后端
├── requirements.txt # Python 依赖
├── templates/
│ └── index.html # 前端界面
├── MOLECULES/ # 放置分子文件（自动创建）
└── FIGURE/ # 渲染结果保存目录（自动创建）
安装
先下载好https://github.com/TiegenFang/xyzrender-webapp.git的code（可以帮忙点个star）
1. 安装
- pip install xyzrender
- # latest development version:
- pip install --upgrade git+https://github.com/aligfellow/xyzrender.git
如果需要全部功能，可以安装如下： - pip install xyzrender[crystal] # VASP/QE periodic structures (phonopy)
- pip install xyzrender[smi] # SMILES input (rdkit)
- pip install xyzrender[cif] # CIF input (ase)
- pip install xyzrender[all] # everything above
2. 启动应用
python app.py
使用方法
步骤 1 — 准备分子文件
将分子文件放入 MOLECULES/ 文件夹，或直接在网页界面中拖拽上传。 支持的文件格式： [td]| 格式 | 说明 | | .xyz | XYZ 坐标文件 | | .mol / .sdf | MOL/SDF 格式 | | .mol2 | MOL2 格式 | | .pdb | 蛋白质数据库格式 | | .out / .log | ORCA、Gaussian 等 QM 输出文件 | | .gjf / .gjc | Gaussian 输入文件 | | .fchk | Gaussian formatted checkpoint | | .cube | 电子密度 / 分子轨道 cube 文件 | | .cif | 晶体结构文件（需要 xyzrender[crystal]） | | .smiles | SMILES 字符串文件（需要 xyzrender[smiles]） |
步骤 2 — 选择渲染选项
- 输出格式：SVG（默认）、PNG、PDF、GIF（旋转动画）
- 绘图风格：
- default — 标准 CPK 风格，带深度雾化
- flat — 扁平化无阴影风格
- paton — PyMOL 风格（球棍模型）
- skeletal — 骨架式（有机化学惯例）
- bubble — 大球风格
- tube — 管状键
- wire — 线框风格
- 渲染选项：
- 显示氢原子（--hy）
- 过渡态键（--ts）
- 非共价相互作用（--nci）
- GIF 动画：旋转轴 x / y / z / xy
- 高级选项（量子化学）：
- 电子密度等值面（--dens，需要 cube 文件）
- 分子轨道（--mo，需要 MO cube 文件）
- ESP 映射（需要两个 cube 文件）
- 自定义 JSON 配置覆盖
步骤 3 — 渲染 & 查看
点击 ▶ 渲染分子 后，结果将： - 自动保存到 FIGURE/ 文件夹
- 在右侧预览区实时显示
- 支持全屏查看和下载
特色
[color=rgba(0, 0, 0, 0.9)]🌗 亮暗模式+字体自由调熬夜画图的同学有福了！暗色界面护眼，字体大小随心调，截图直接丢进论文不用二次修图
[color=rgba(0, 0, 0, 0.9)]🎨 渲染全面升级vdw球体显示、DOF景深效果、晶胞框线、分子重取向...以前要开三个软件的操作，现在一个网页全搞定。风格选择多到选择困难症发作
[color=rgba(0, 0, 0, 0.9)]🖱️ 视角自由旋转终于不用猜哪个角度好看了！鼠标一拖直接找最佳视角，出图速度翻倍，赶deadline神器
[color=rgba(0, 0, 0, 0.9)]📁 TEMP/FIGURE规范导出强迫症狂喜！文件命名整整齐齐，放supporting information里导师都挑不出毛病
相关链接
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发表于 Post on 2026-3-27 12:56:23
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楼主 Author
xyzrender本身好像并不支持这个功能