求助：NVT平衡看RMSD时看单个分子还是包含相同分子的较多分子

moheng · 发表于 Post on 2026-4-2 11:45:50

求助：我想要构建一个油水体系（上层为水相，下层为油相，油相采用四组分：饱和烃，芳香烃，胶质(C21H26，58个分子)和沥青质（C43H46N2O6，2个分子），中间加入表面活性剂SDS），能量最小化之后我模拟了80ns的NVT平衡，得到的SDS，胶质和沥青质的RMSD为下图，请问我是需要继续加长模拟时间呢，还是看单个分子的RMSD来判断NVT过程达到了平衡呢

student0618 · 发表于 Post on 2026-4-2 12:39:50

这体系看的可能需要是rmsd以外的，参考下文第三节

谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 2&fromuid=64740
(出处: 计算化学公社)

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