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老师们好~我在研究氮杂环卡宾和CO2加合物(NHC-CO2)对某个铵根离子晶体P热分解的促进机理,计划用AIMD模拟。
实验发现,在100℃,NHC-CO2会脱去CO2(质量减少证明CO2逸出了),剩下游离的氮杂环卡宾(NHC),直到300℃整个体系开始热分解。 但是现在遇到的问题是: 1. 将一个NHC分子放在离子晶体slab上做298.15K的NVT模拟5ps,想以此作为初始结构在2000K下做NVT的高温热分解AIMD模拟。但是298K的NVT,NHC已经开始夺取离子晶体中铵根的质子了,这个H和NHC中的卡宾碳结合了,剩下的NH3也跑到了表面。 2. 我又将NHC-CO2放在slab表面做298.15K的NVT模拟3ps,然后将吸附结构作为初始结构进行2000K NVT,又发现过程中CO2反复脱附后又吸附,没有得到裸露的NHC来参与反应。
所以对于正式的高温AIMD初始结构的选取拿不定主意,目前有以下想法: 方案A:跑"NHC-CO2+晶体slab"的298K NVT,从轨迹中取一帧,手动删去CO2,以此作为高温AIMD的初始结构。 方案B:跑"NHC+晶体slab"的298K NVT,就用质子转移后的结构作为高温AIMD初始结构。 方案C:跑"NHC+晶体slab"的398K NVT (398K是实验NHC-CO2脱去CO2的温度),质子肯定还会转移,用5ps后的势能平衡的结构作为高温AIMD初始结构。
请问老师们哪种方案更合理呢?或者其他什么做法更合理呢?谢谢老师们~~
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