吸附在材料表面的蛋白质长时间RMSD不平衡

wanwen

我想请教一个问题。我通过rosetta软件对接了骨形态发生蛋白-2（BMP-2）在HAP(010)上的吸附，然后选取了4个对接模型来做MD, ,这四个模型中只有Ks-PH7这个模型能看出来稳定，其他模型似乎没有稳定期，而且RMSD均值大，我用的MDP文件都是同一套，可是得到了不同的RMSD图，在md部分，我限制了HAP的中间层部分，先跑了100ns，后面发现有的未平衡，又进行了续跑100ns，这根本原因是由于不同的对接结构吗？另外我采用的是混合力场（CHARMM27描述蛋白质+IFF描述HAP），HAP的表面会溶解， ，我统计了表面12埃以内原子情况。发现表面原子流失情况都在40ns就稳定。（a）Model Ws-pH7,(b)Model Ks-pH7,(c)Model Ws-pH5,(d)Model Ks-pH5。所以我想请教是我的MDP文件有问题吗？是否还需要延长模拟时间。

sobereva

wanwen 发表于 2026-4-6 15:35
您好，卢老师，我想请教一个于我而言关键的问题，就是我目前使用的是Gromacs来模拟蛋白质和材料表面的模 ...

只要你用的材料表面有GROMACS里能用的力场，就强烈不建议用lammps，速度慢得多得多，上手也更难，用户数也少得多得多，也不适合模拟蛋白质

wanwen

sobereva 发表于 2026-4-6 03:36
mdp虽然有一些没必要刻意写的设置，但没显著问题（至少是在我没看到体系结构的前提下）。但最好蛋白质和 ...

您好，卢老师，我想请教一个于我而言关键的问题，就是我目前使用的是Gromacs来模拟蛋白质和材料表面的模拟，有必要使用Lammps来进行模拟？（不知道是不是我初始材料的选取有问题从而导致的溶液中材料的溶解率很大，还是软件本身的问题），非常感谢卢老师。

wanwen

sobereva 发表于 2026-4-6 03:36
mdp虽然有一些没必要刻意写的设置，但没显著问题（至少是在我没看到体系结构的前提下）。但最好蛋白质和 ...

好的，感谢卢老师的回答，另外这是我的初始对接构型

sobereva

wanwen 发表于 2026-4-6 03:31
好的，谢谢卢老师，那我这里主要请教下老师生产的MDP文件有没有问题呢（另外我想请教叠加后，应关注什么 ...

mdp虽然有一些没必要刻意写的设置，但没显著问题（至少是在我没看到体系结构的前提下）。但最好蛋白质和基底分成两个独立的控温组。

wanwen

sobereva 发表于 2026-4-6 02:59
这种事一律结合VMD里观看的轨迹，或者整个轨迹里不同帧的多帧叠加图判断怎么回事
绝对不能光凭RMSD曲线猜
...

好的，谢谢卢老师，那我这里主要请教下老师生产的MDP文件有没有问题呢（另外我想请教叠加后，应关注什么部分，才能发现问题然后去解决呢）：title       = Production MD 100ns
define    = -DMid_HAP      ; 生产运行时移除位置限制！

; Run parameters
integrator  = md
nsteps      = 50000000     ; 100 ns (100,000,000 steps * 0.001 ps)
dt          = 0.002         ; 1 fs

; Output control
nstxout             = 0             ; 不保存完整坐标（节省空间）
nstvout             = 0             ; 不保存速度
nstfout             = 0             ; 不保存力
nstenergy           = 5000          ; 每5 ps保存能量
nstlog              = 5000          ; 每5 ps更新日志
nstxout-compressed  = 5000          ; 每5 ps保存压缩轨迹
compressed-x-grps   = System
compressed-x-precision = 1000       ; 压缩精度

; Bond constraints
continuation            = yes       ; 从NPT继续
constraint_algorithm    = lincs
constraints             = h-bonds
lincs_iter              = 2
lincs_order             = 6
lincs_warnangle         = 30

; Neighbor searching
cutoff-scheme   = Verlet
ns_type         = grid
nstlist         = 20
rcoulomb        = 1.2
rvdw            = 1.2

; Electrostatics
coulombtype     = PME
pme_order       = 4
fourierspacing  = 0.12

; Temperature coupling
tcoupl          = V-rescale
tc-grps         = Protein_HAP Water_and_ions
tau_t           = 1.0    1.0
ref_t           = 310    310

; Pressure coupling
pcoupl              = C-rescale
pcoupltype          = semiisotropic
nstpcouple          = 10
tau_p               = 5.0
ref_p               = 1.0  1.0
compressibility     = 4.5e-5  4.5e-5
refcoord_scaling    = com

; Periodic boundary conditions
pbc             = xyz

; Dispersion correction
DispCorr        = EnerPres

; Velocity generation
gen_vel         = no

sobereva

这种事一律结合VMD里观看的轨迹，或者整个轨迹里不同帧的多帧叠加图判断怎么回事
绝对不能光凭RMSD曲线猜

上传一堆文件时，必须逐个说明每个都是干什么的，免得让别人猜、一个个打开看


另外，CHARMM27已经很过时了，不建议使用。非要用CHARMM力场的话优先考虑CHARMM36m