跑能量最小化的时候出现分子成键作用的原子间距大于盒子边长一半

哈哈哈楚 · 发表于 Post on yesterday 18:18

各位老师好！
有个问题请教一下，就是跑能量最小化的时候出现分子成键作用的原子间距大于盒子边长的一半，不知道为什么会出现这个情况，恳求各位大佬指正。

hezi.gro (278.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

Fatal error:
There are inconsistent shifts over periodic boundaries in a molecule type
consisting of 16 atoms. The longest distance involved in such interactions is
2.797 nm which is above half the box length. Either you have excessively large
distances between atoms in bonded interactions or your system is exploding.

sobereva · 发表于 Post on 1 hour ago

拓扑文件有问题也很容易造成此报错。力场参数明显不合理、拓扑关系明显不当，都非常容易导致体系崩掉引发这种问题

哈哈哈楚 · 发表于 Post on yesterday 22:14

student0618 发表于 2026-4-20 18:47
最简单的解法是editconf 盒子设大些再跑。

好的，我试试，谢谢！

student0618 · 发表于 Post on yesterday 18:47

最简单的解法是editconf 盒子设大些再跑。

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[GROMACS] 跑能量最小化的时候出现分子成键作用的原子间距大于盒子边长一半

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