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[GROMACS] 求助:做NVT报错LJ势能过大

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本帖最后由 ZXCZXCZXC 于 2026-4-21 22:01 编辑

我做了一个把ZIF67和18-crown-6混合的溶液模型(ZIF67用的是AMBER力场,其中Co无法添加力场用的是UFF力场。18-crown-6用的是GAFF力场,均使用Sobtop程序生成itp文件),在跑完能量最小化、NPT、NVT之后,使用gmx editconf -f NVT.gro -o NVTgas.gro -box 8 8 19.5命令扩大盒子,再使用gmx insert-molecules -f NVTgas.gro -ci CO2.pdb -o ZIF67-CO2.gro -nmol 50命令在Z方向两侧添加了50个CO2(EPM2力场,使用AuToFF生成了pdb,gro,itp文件),再用gmx grompp -f MD.mdp -c ZIF67-CO2.gro -p zif-crown-CO2.top -o  MD.tpr -maxwarn 2 -v和gmx mdrun -s MD.tpr -deffnm MD -v命令进行NVT的时候会报错Fatal error:
Step 0: The total potential energy is 2.21596e+11, which is extremely high.
The LJ and electrostatic contributions to the energy are 2.21596e+11 and
-18742.3, respectively. A very high potential energy can be caused by
overlapping interactions in bonded interactions or very large coordinate
values. Usually this is caused by a badly- or non-equilibrated initial
configuration, incorrect interactions or parameters in the topology.
根据http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8查了一周多了没有查出问题,恳请各位老师帮忙,这对我真的很重要,感谢您!

ZIF-CO2-2.rar

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