请教GROMACS结合gmx_MMPBSA程序算结合能模拟时长要多长

王涛 · 发表于 Post on 前天 11:36

我看论文《Assessing the Performance of the MM/PBSA and MM/GBSA Methods. 1. The Accuracy of Binding Free Energy Calculations Based on Molecular Dynamics Simulations》
J. Chem. Inf. Model. 2011, 51, 69–82
里面关于模拟时间的内容，文献里的模拟时间都不超过5ns。而网上的教程都是50ns，甚至100ns往上
我的体系为六肽-铵根，我想请教
1.这个模拟时长应该如何选择，有没有什么量化的标准？比如RMSD或者焓的收敛
2.在进行分子动力学模拟之前，是否是要做分子对接得到复合物的结构？或者是将受体与配体直接合并为复合物PDB，然后直接跑动力学模拟，对结果的影响其实不大？

sobereva · 发表于 Post on yesterday 11:40

王涛发表于 2026-4-23 11:04
社长，我看还有人认为：多次短时间的模拟会带来更好的收敛效果（单个长期模拟会低估结果的不确定性）。他 ...

本来MMPBSA的绝对精度就很有限，这么折腾没必要

王涛 · 发表于 Post on yesterday 11:04

sobereva 发表于 2026-4-22 14:42
对于结合比较稳定、形态始终不变，MMPBSA的结果随着考虑的轨迹长度增加很快就收敛了。反之模拟过程中结合状 ...

社长，我看还有人认为：多次短时间的模拟会带来更好的收敛效果（单个长期模拟会低估结果的不确定性）。他的体系为：抗生物素蛋白，20-50次模拟才能给出七种生物素类似物1 kJ/mol的标准误差（每个配体总共模拟6-15 ns）。不知道是否合理。

sobereva · 发表于 Post on 前天 14:42

对于结合比较稳定、形态始终不变，MMPBSA的结果随着考虑的轨迹长度增加很快就收敛了。反之模拟过程中结合状态波动越大，需要的时间越长

student0618 · 发表于 Post on 前天 14:03

看情况的，不同目的不同体系可能不同，有些较短的是为了高通量筛选。

一般标准是：
1. 至少100帧
2. 每帧间隔时间大于体系Autocorrelation time
3. 轨迹是稳定的结合

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