请教gmx-mmpbsa计算结果有误

王涛

我的体系为短肽-铵根。我试着做MMPBSA结合能的计算，因为网上对模拟时间长或短没有定数，所以我选择了5ns与50ns进行模拟
5ns选择了最后1ns计算，50ns选择了最后5ns计算，都取了100帧。程序不到1分钟就出结果了。
模拟结果是，两个计算的结果感觉都不是很准确，5ns算出来是-0.09，50ns算出来是-0.02，文献中算的结果是-7.4。单位都是kcal/mol.
我想请教各位老师是因为哪一步导致这个能量计算不准确呢？
我个人猜测是体系的构型变化太大，不稳定。或者是intdiel选择不正确（我目前选择的是4）

jackshoulder

另外，如果你的肽不长，短肽和银胺总原子数不多，你可以用sob老师的Molclus去做构象搜索，然后用量子化学的方式去计算两者的相互作用能，以此来得出作用强度，这或许比MMGBSA或者MMPBSA方法得出的结果更好。

jackshoulder

你这个，我认为是不合理的，首先，你5ns和50ns的RMSD可知，你的体系及其的不稳定，rmsd最大可到7nm，平均也在5nm(50ns体系）。我推测你的肽与你的那个阳离子根本就没有结合起来，因此算结合自由能完全就是扯淡。除非你提供肽与阳离子的的可视化结果，以证明你的阳离子的确与肽是结合的，不然你怎么提取轨迹去算结合自由能都是接近0的。从你计算的结果看，只能说明，你的阳离子与肽没有结合。请提供更多的模拟结果，不然无法准确分析。