Lys和Asp侧链酰胺键通过pdb2gmx自动生成

爆旋陀螺

各位社员好，最近课题组在进行多肽与受体的研究，多肽结构中常有Lys和Asp侧链酰胺键等非天然氨基酸成键。
之前少量使用时选择手动topol连接，现计划从根源上解决这个问题，直接从力场文件中添加相关参数，直接通过pdb2gmx生成这一个键，以供参考自动生成多肽结构中其他非标准成键。
参照社员JohnCase（http://bbs.keinsci.com/thread-57309-1-1.html）分别获取Lys、Asp侧链成键后，重命名为LYZ、ASZ的rtp文件及加氢文件；附件为使用社长Sobereva（http://sobereva.com/637）的ORCA脚本生成chg文件后，经sobtop最终生成LYZ、ASZ的rtp文件及手搓的加氢文件。
将LYZ、ASZ的rtp文件及加氢文件拉入gromacs2025.03版本使用的AMBER19SB.ff力场包，并修改gromacs的top文件中specbond.dat，添加“LYS        NZ        1        ASP        CG        1        0.15        LYZ        ASZ”。
pymol处理后含有Lys和Asp侧链酰胺键的pdb结构使用pdb2gmx运行后，topol文件中能够自动生成侧链酰胺键。



注：“LYS        NZ        1        ASP        CG        1        0.15        LYZ        ASZ”原先设置距离限制是0.18 nm，但映射失败，识别回原始氨基酸；考虑酰胺键键长1.34埃，避免错误识别，将距离限制改为0.15后，能够正确形成侧链酰胺键。