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[新手求助] 计算方法和基组求组

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最近在做硅烷做还原剂的反应计算,里面还有负离子存在,温度对反应产物影响较大,因此对计算精度要求很高,用什么基组和方法更好一点?谢谢大家

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-24 21:39:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-10-24 15:41
甭管你之前看的文章了,结果肯定不如SMD好。那个计算气相能量的级别在现在来看性价比也极低

主要是因为他的气相和溶剂型单点用的不同基组,所以我犹豫了一下。谢谢老师的耐心解答

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发表于 Post on 2017-10-24 15:41:04 | 只看该作者 Only view this author
yanmu 发表于 2017-10-24 12:25
溶剂模型化单点能#p scrf=(solvent=acetonitrile,read,smd) M052X/6-31G*,气相单点能# M052X/6-31G*。
...


甭管你之前看的文章了,结果肯定不如SMD好。那个计算气相能量的级别在现在来看性价比也极低
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-24 12:25:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-10-24 00:04

用于算溶解自由能的气相单点能直接写# M052X/6-31G*

溶剂模型化单点能#p scrf=(solvent=acetonitrile,read,smd) M052X/6-31G*,气相单点能# M052X/6-31G*。
那溶剂相和气相单点能的计算都是用M052X/6-31G*,溶剂化能就等于两者相减。那我看的那篇文献中原文描述是---气相结构与能量的计算采用 MP2/6-311 + +G( d,p) / / B3LYP /6-31 + G( d) 方法,溶剂化能的计算采用 HF/6-31 + G( d,p) / /IEFPCM/UA0( 1. 20) 方法,这两种单点能的计算方法是不同的。我都用M052X/6-31G*是可以的吗

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发表于 Post on 2017-10-24 00:04:05 | 只看该作者 Only view this author
yanmu 发表于 2017-10-23 20:58
这个体系主要就是一个供氢給体分子,解离成一个阳离子和一个H负离子,需要用到气相中的焓和溶剂化能数据 ...


用于算溶解自由能的气相单点能直接写# M052X/6-31G*
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-23 20:58:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-10-23 14:18
溶剂化能按这里面用M052X/6-31G*结合SMD
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobe ...

这个体系主要就是一个供氢給体分子,解离成一个阳离子和一个H负离子,需要用到气相中的焓和溶剂化能数据。一个物质的溶剂化能等于溶剂模型化单点能减去气相单点能,那么按照老师所说的,结构优化用M062X/6-311G*,溶剂模型化单点能用M052X/6-31G*结合SMD,气相单点能用M062X/def2-TZVP,我这样理解对吗?
溶剂型单点能#p scrf=(solvent=acetonitrile,read,smd) ,气相单点能以前没算过,关键词直接写#p scrf 吗?谢谢老师

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发表于 Post on 2017-10-23 14:18:50 | 只看该作者 Only view this author
yanmu 发表于 2017-10-23 12:08
看到了一篇咪唑类化合物在乙腈溶液中负氢解离焓的文献,气相结构与能量的计算采用 MP2/6-311 + +G( d,p) ...

溶剂化能按这里面用M052X/6-31G*结合SMD
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327

优化用M062X/6-311G*,单点用M062X/def2-TZVP(要求更高可以用双杂化泛函)
我不晓得你说的负氢解离是个什么过程,如果计算时牵扯到阴离子,那么单点计算时建议用ma-TZVP
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-23 12:08:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-30 11:25
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择

看到了一篇咪唑类化合物在乙腈溶液中负氢解离焓的文献,气相结构与能量的计算采用 MP2/6-311 + +G( d,p) / / B3LYP /6-31 + G( d) 方法,溶剂化能的计算采用 HF/6-31 + G( d,p) / /IEFPCM/UA0( 1. 20) 方法,这个是2012年的。现在我想计算一下硅烷的负氢解离焓,用什么方法比较合适呢?x谢谢

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发表于 Post on 2017-7-14 12:05:22 | 只看该作者 Only view this author
yanmu 发表于 2017-7-14 11:03
那我想解决的由ultrafine优化消虚频带来的问题怎么处理呢?我可能没有理解到老师的意思


我不知道你具体想解决什么
反正你就记住,算能量的时候,如果要横向对比,一个带ultrafine则所有其它的必须也得带,否则没可比性,误差没法抵消
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-14 11:03:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-14 10:12
优化用不用ultrafine和单点用不用ultrafine是两回事,可以都ultrafine,也可以只有一个用ultrafine

那我想解决的由ultrafine优化消虚频带来的问题怎么处理呢?我可能没有理解到老师的意思

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发表于 Post on 2017-7-14 10:12:06 | 只看该作者 Only view this author
yanmu 发表于 2017-7-14 09:17
用int=ultrafine优化出的没虚频的结构,再计算单点能时也加上int=ultrafine计算一下单点能,这样理解对吗 ...

优化用不用ultrafine和单点用不用ultrafine是两回事,可以都ultrafine,也可以只有一个用ultrafine
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-14 09:17:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-13 10:53
你可以用优化出没虚频结构,再用默认的fine算一次单点,这样其它结构也就不需要再在ultrafine下计算一 ...

用int=ultrafine优化出的没虚频的结构,再计算单点能时也加上int=ultrafine计算一下单点能,这样理解对吗?

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发表于 Post on 2017-7-13 10:53:22 | 只看该作者 Only view this author
yanmu 发表于 2017-7-12 22:15
反应中涉及到三个反应底物,5个中间体,目的是把整个路径势能图计算出来,但其中一个中间体因为对称性高 ...


你可以用优化出没虚频结构,再用默认的fine算一次单点,这样其它结构也就不需要再在ultrafine下计算一遍能量了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-12 22:15:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-12 17:43
不会不准确。
但如果横向对比不同体系能量,一个用了ultrafine则其余都得用

反应中涉及到三个反应底物,5个中间体,目的是把整个路径势能图计算出来,但其中一个中间体因为对称性高,用到了ultrafine,消了虚频,其他的都没用这个关键词,怕影响能量计算结果,是不是应该破坏掉其所有对称性,重新优化那个中间体计算更准确呢?谢谢老师

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发表于 Post on 2017-7-12 17:43:03 | 只看该作者 Only view this author
yanmu 发表于 2017-7-12 11:37
老师,优化一些对称性高的分子有虚频,于是我用了opt=tight,int=ultrafine,nosymm,虚频消除掉了。但是反 ...

不会不准确。
但如果横向对比不同体系能量,一个用了ultrafine则其余都得用
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