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[Gaussian/gview] 分子间振动正则模式计算

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想计算Γ-point的分子间振动正则模式,得到如图结果,想问除了VASP和CRYSTAL,未见有文献在Gaussian中实现的。是不是Gaussian中无法进行刚性分子近似,所以无法区分分子间和分子内部振动呢?
谢谢!

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发表于 Post on 2017-7-12 10:24:47 | 只看该作者 Only view this author
janeli1995 发表于 2017-7-10 22:45
看图应该是两个分子相对移动和转动

谢谢!

看文献时好象看到过,气相为平动,液相时为libration。

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发表于 Post on 2017-7-11 09:40:08 | 只看该作者 Only view this author
janeli1995 发表于 2017-7-11 01:30
老师您好,如果我输入两个分子的坐标,判断的是两个分子整个结构的点群吗?因为查到萘分子的点群应该是D2 ...

判断点群是对整个体系而言,不是体系中每个单体而言
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-7-11 09:16:39 | 只看该作者 Only view this author
janeli1995 发表于 2017-7-11 04:20
请问是不是需要用PBC作为晶体进行计算?

这和PBC没关系
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-11 04:20:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-10 10:53
输出频率的时候直接就会显示振动模式的不可约表示(前提是整个结构已经被判断出了应有的点群)

请问是不是需要用PBC作为晶体进行计算?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-11 01:30:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-10 10:53
输出频率的时候直接就会显示振动模式的不可约表示(前提是整个结构已经被判断出了应有的点群)

老师您好,如果我输入两个分子的坐标,判断的是两个分子整个结构的点群吗?因为查到萘分子的点群应该是D2h,但是我输入dimer的坐标之后判断的是C1(没什么对称性),最终算出的频率也相差甚远。
我的关键词是:
#p opt freq=savenormalmodes b3lyp/6-31g*

请问还需要注意什么吗?
谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-10 22:45:58 | 只看该作者 Only view this author
hzfish 发表于 2017-7-10 09:06
借楼问一下,楼主表格中那个libration是个什么模式?

谢谢!

看图应该是两个分子相对移动和转动

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发表于 Post on 2017-7-10 10:53:18 | 只看该作者 Only view this author
janeli1995 发表于 2017-7-10 09:01
谢谢老师!那是只要把dimer放在Gaussian中计算freq就可以吗?
比如说找出了几个频率是分子间振动,那么 ...

输出频率的时候直接就会显示振动模式的不可约表示(前提是整个结构已经被判断出了应有的点群)
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发表于 Post on 2017-7-10 09:06:53 | 只看该作者 Only view this author
借楼问一下,楼主表格中那个libration是个什么模式?

谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-10 09:01:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-10 07:49
分子间和分子内振动模式耦合很弱,毕竟力常数差得很大。直接挨个观看振动模式,把对应分子间的取出来就完了 ...

谢谢老师!那是只要把dimer放在Gaussian中计算freq就可以吗?
比如说找出了几个频率是分子间振动,那么怎么确定是这几种对称(Au、Bu等等)的哪一种呢?

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发表于 Post on 2017-7-10 07:49:19 | 只看该作者 Only view this author
分子间和分子内振动模式耦合很弱,毕竟力常数差得很大。直接挨个观看振动模式,把对应分子间的取出来就完了,通常低波数的一批都是对应分子间的
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