gromacs 错误提示cut-off盒子矢量的一半要长，如何解决？

02130213aaa · 发表于 Post on 2017-7-25 17:05:38

我构建了个含有2651个水分子，30个水杨酸，188个全氟磷酸三丁酯的100*100*100nm的盒子 cut-off是1.0nm，做能量最小化的时候出现这样的错误，我把盒子改成200*200*200，还是这样的错误。请问我该怎样改呢？谢谢

UPC-Ning · 发表于 Post on 2021-7-14 17:33:03

02130213aaa 发表于 2017-7-25 23:07
非常感谢。我已经检查过了，的确是我在构建初始盒子的尺寸不对

我也遇到了同样的问题，提示错误出现在了.top文件中，如您上传的png图片，但是我手动创建的.top文件中并没有这一行，cutoff-scheme只在.mdp文件中设置了

02130213aaa · 发表于 Post on 2017-7-25 23:07:07

wbn 发表于 2017-7-25 22:28
肯定哪里没做对。看一下gro文件最后一行盒子尺寸是不是正确。

非常感谢。我已经检查过了，的确是我在构建初始盒子的尺寸不对

wbn · 发表于 Post on 2017-7-25 22:28:53

肯定哪里没做对。看一下gro文件最后一行盒子尺寸是不是正确。

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[GROMACS] gromacs 错误提示cut-off盒子矢量的一半要长，如何解决？