求助Ubuntu下ORCA并行问题

bomsaude

Ubuntu12.04 64位下安装了orca3.0.3，单核计算没有问题，在卡开发发的热心帮助下，安装openmpi1.6.5后，但还是无法并行计算，出现的问题是：

fu@pc:~$ /home/fu/orca/orca test1.inp > test1.out &
[1] 21839
fu@pc:~$ /home/fu/orca/orca_gtoint_mpi: error while loading shared libraries: libmpi_cxx.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory
/home/fu/orca/orca_gtoint_mpi: error while loading shared libraries: libmpi_cxx.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory
ORCA finished by error termination in ORCA_GTOInt

安装过程如下：

个人台式机，安装路径：
orca：/home/fu/orca
openmpi1.6.5：/home/fu/openmpi1.6.5

将默认的shell改为了bash
确认安装了gcc和gfortran

终端openmpi1.6.5下 ./configure CC=gcc FC=gfortran --prefix=/home/fu/openmpi1.6.5/ 没有问题
然后，make && make install 开始安装，最后的输出内容如下，不知是否正确安装了：

1. /usr/bin/install -c -m 644 help-ompi-profiler.txt '/home/fu/openmail1.6.5/share/openmpi'
   
2. test -z "/home/fu/openmail1.6.5/share/man/man1" || /bin/mkdir -p "/home/fu/openmail1.6.5/share/man/man1"
   
3. /usr/bin/install -c -m 644 ompi-profiler.1 '/home/fu/openmail1.6.5/share/man/man1'
   
4. make[3]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/ompi/tools/ompi-profiler'
   
5. make[2]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/ompi/tools/ompi-profiler'
   
6. make[1]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/ompi'
   
7. Making install in test
   
8. make[1]: Entering directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test'
   
9. Making install in support
   
10. make[2]: Entering directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/support'
    
11. make[3]: Entering directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/support'
    
12. make[3]: Nothing to be done for `install-exec-am'.
    
13. make[3]: Nothing to be done for `install-data-am'.
    
14. make[3]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/support'
    
15. make[2]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/support'
    
16. Making install in asm
    
17. make[2]: Entering directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/asm'
    
18. make[3]: Entering directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/asm'
    
19. make[3]: Nothing to be done for `install-exec-am'.
    
20. make[3]: Nothing to be done for `install-data-am'.
    
21. make[3]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/asm'
    
22. make[2]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/asm'
    
23. Making install in class
    
24. make[2]: Entering directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/class'
    
25. make[3]: Entering directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/class'
    
26. make[3]: Nothing to be done for `install-exec-am'.
    
27. make[3]: Nothing to be done for `install-data-am'.
    
28. make[3]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/class'
    
29. make[2]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/class'
    
30. Making install in threads
    
31. make[2]: Entering directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/threads'
    
32. make[3]: Entering directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/threads'
    
33. make[3]: Nothing to be done for `install-exec-am'.
    
34. make[3]: Nothing to be done for `install-data-am'.
    
35. make[3]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/threads'
    
36. make[2]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/threads'
    
37. Making install in datatype
    
38. make[2]: Entering directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/datatype'
    
39. make[3]: Entering directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/datatype'
    
40. make[3]: Nothing to be done for `install-exec-am'.
    
41. make[3]: Nothing to be done for `install-data-am'.
    
42. make[3]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/datatype'
    
43. make[2]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/datatype'
    
44. Making install in util
    
45. make[2]: Entering directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/util'
    
46. make[3]: Entering directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/util'
    
47. make[3]: Nothing to be done for `install-exec-am'.
    
48. make[3]: Nothing to be done for `install-data-am'.
    
49. make[3]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/util'
    
50. make[2]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test/util'
    
51. make[2]: Entering directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test'
    
52. make[3]: Entering directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test'
    
53. make[3]: Nothing to be done for `install-exec-am'.
    
54. make[3]: Nothing to be done for `install-data-am'.
    
55. make[3]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test'
    
56. make[2]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test'
    
57. make[1]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5/test'
    
58. make[1]: Entering directory `/home/fu/openmpi1.6.5'
    
59. make[2]: Entering directory `/home/fu/openmpi1.6.5'
    
60. make[2]: Nothing to be done for `install-exec-am'.
    
61. make[2]: Nothing to be done for `install-data-am'.
    
62. make[2]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5'
    
63. make[1]: Leaving directory `/home/fu/openmpi1.6.5'
    
64. fu@pc:~/openmpi1.6.5$

复制代码

.bashrc的内容是这么加入的，问题可能出在这，但是我不会改，搞不定。
export MPI_HOME=/usr
export PATH=$PATH:$MPI_HOME/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MPI_HOME/lib


然后运行含有！PAL2的orca输入文件，出现了如本贴开头的问题。

google或百度一下，说需要建立软链接，还有如下的方法，由于本人对linux知之甚少，搞不定：


1. 用ln将需要的so文件链接到/usr/lib或者/lib这两个默认的目录下边
ln -s /where/you/install/lib/*.so /usr/lib
sudo ldconfig

2.修改LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/where/you/install/lib:$LD_LIBRARY_PATH
sudo ldconfig

3.修改/etc/ld.so.conf，然后刷新

vim /etc/ld.so.conf

add /where/you/install/lib
sudo ldconfig


望高人给与指导，谢谢了！

bomsaude

谢谢卡开发发和Sob的热心帮助，我重新安装Ubuntu后，再次安装orca并行运算成功，然后我重新写一个帖子，把具体过程写一遍。

bomsaude

删掉原来的openmpi1.6.5，重新解压，编译和安装后，运行orca输入文件，出现如下错误：

1. fu@pc:~$ /home/fu/orca/orca test1.inp > test1.out &
   
2. [1] 4032
   
3. fu@pc:~$ [pc:04035] [[17169,1],0] ORTE_ERROR_LOG: Data unpack would read past end of buffer in file util/nidmap.c at line 118
   
4. [pc:04035] [[17169,1],0] ORTE_ERROR_LOG: Data unpack would read past end of buffer in file ess_env_module.c at line 174
   
5. --------------------------------------------------------------------------
   
6. It looks like orte_init failed for some reason; your parallel process is
   
7. likely to abort.  There are many reasons that a parallel process can
   
8. fail during orte_init; some of which are due to configuration or
   
9. environment problems.  This failure appears to be an internal failure;
   
10. here's some additional information (which may only be relevant to an
    
11. Open MPI developer):
    
12. 
    
13.   orte_util_nidmap_init failed
    
14.   --> Returned value Data unpack would read past end of buffer (-26) instead of ORTE_SUCCESS
    
15. --------------------------------------------------------------------------
    
16. [pc:04035] [[17169,1],0] ORTE_ERROR_LOG: Data unpack would read past end of buffer in file runtime/orte_init.c at line 128
    
17. --------------------------------------------------------------------------
    
18. It looks like orte_init failed for some reason; your parallel process is
    
19. likely to abort.  There are many reasons that a parallel process can
    
20. fail during orte_init; some of which are due to configuration or
    
21. environment problems.  This failure appears to be an internal failure;
    
22. here's some additional information (which may only be relevant to an
    
23. Open MPI developer):
    
24. 
    
25.   orte_ess_set_name failed
    
26.   --> Returned value Data unpack would read past end of buffer (-26) instead of ORTE_SUCCESS
    
27. --------------------------------------------------------------------------
    
28. --------------------------------------------------------------------------
    
29. It looks like MPI_INIT failed for some reason; your parallel process is
    
30. likely to abort.  There are many reasons that a parallel process can
    
31. fail during MPI_INIT; some of which are due to configuration or environment
    
32. problems.  This failure appears to be an internal failure; here's some
    
33. additional information (which may only be relevant to an Open MPI
    
34. developer):
    
35. 
    
36.   ompi_mpi_init: orte_init failed
    
37.   --> Returned "Data unpack would read past end of buffer" (-26) instead of "Success" (0)
    
38. --------------------------------------------------------------------------
    
39. [pc:4035] *** An error occurred in MPI_Init
    
40. [pc:4035] *** on a NULL communicator
    
41. [pc:4035] *** Unknown error
    
42. [pc:4035] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL: your MPI job will now abort
    
43. --------------------------------------------------------------------------
    
44. An MPI process is aborting at a time when it cannot guarantee that all
    
45. of its peer processes in the job will be killed properly.  You should
    
46. double check that everything has shut down cleanly.
    
47. 
    
48.   Reason:     Before MPI_INIT completed
    
49.   Local host: pc
    
50.   PID:        4035
    
51. --------------------------------------------------------------------------
    
52. --------------------------------------------------------------------------
    
53. mpirun has exited due to process rank 0 with PID 4035 on
    
54. node pc exiting without calling "finalize". This may
    
55. have caused other processes in the application to be
    
56. terminated by signals sent by mpirun (as reported here).
    
57. --------------------------------------------------------------------------
    
58. ORCA finished by error termination in ORCA_GTOInt
    
59. 
    
60. 
    
61. 
    
62. 网上搜的解决办法
    
63. 
    
64. [node2:24085] [[64770,1],0] ORTE_ERROR_LOG: Data unpack would read past end of buffer in file util/nidmap.c at line 118
    
65. [node2:24085] [[64770,1],0] ORTE_ERROR_LOG: Data unpack would read past end of buffer in file ess_env_module.c at line 174
    
66. orte_util_nidmap_init failed
    
67. 解决方法：mpi在bash下正常，但再csh下不正常，貌似解决方法是将一些路径添加到～/.cshrc中，记不清了

复制代码

盼望Sob和各位高人指点迷津，谢谢！

bomsaude

sobereva 发表于 2015-1-21 23:54
你先进入/home/fu/openmpi1.6.5/lib看看到底有没有那个.so文件。正常编译后应当能在安装目录下的lib中找到 ...

谢谢您的解答，我从头重新安装一次，试试看。

sobereva

你先进入/home/fu/openmpi1.6.5/lib看看到底有没有那个.so文件。正常编译后应当能在安装目录下的lib中找到此文件

bomsaude

sobereva 发表于 2015-1-21 23:28
你的环境变量没设对，应当为
export PATH=$PATH:/home/fu/openmpi1.6.5/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_ ...

谢谢您Sob，我按照您说的，更改后，也source了，也重新登录了，运行还是那个错误：

fu@pc:~$ /home/fu/orca/orca test1.inp > test1.out &
[1] 23501
fu@pc:~$ /home/fu/orca/orca_gtoint_mpi: error while loading shared libraries: libmpi_cxx.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory
/home/fu/orca/orca_gtoint_mpi: error while loading shared libraries: libmpi_cxx.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory
ORCA finished by error termination in ORCA_GTOInt

out文件部分内容如下：

1. ================================================================================
   
2.                                        INPUT FILE
   
3. ================================================================================
   
4. NAME = test1.inp
   
5. |  1> # Test a simple DFT calculation
   
6. |  2> ! RKS B3LYP/G 6-311G** Opt Grid4
   
7. |  3> ! PAL2
   
8. |  4> * xyz 0 1
   
9. |  5> C  -0.56591643   -0.41685185    0.00007236
   
10. |  6> C   0.83548351   -0.41692196    0.00050137
    
11. |  7> C   1.53624443    0.79669073   -0.00006381
    
12. |  8> C   0.83560543    2.01037354   -0.00105877
    
13. |  9> C  -0.56579451    2.01044365   -0.00148574
    
14. | 10> C  -1.26655543    0.79683096   -0.00092082
    
15. | 11> H  -1.10096295   -1.34347207    0.00050287
    
16. | 12> H   1.37043694   -1.34359572    0.00125995
    
17. | 13> H   2.60624438    0.79663719    0.00026331
    
18. | 14> H   1.37065195    2.93699376   -0.00149182
    
19. | 15> H  -1.10074794    2.93711741   -0.00224291
    
20. | 16> H  -2.33655538    0.79688450   -0.00124699
    
21. | 17> *
    
22. | 18>
    
23. | 19>                          ****END OF INPUT****
    
24. ================================================================================
    
25. 
    
26.                        *****************************
    
27.                        * Geometry Optimization Run *
    
28.                        *****************************
    
29. 
    
30. Geometry optimization settings:
    
31. Update method            Update   .... BFGS
    
32. Choice of coordinates    CoordSys .... Redundant Internals
    
33. Initial Hessian          InHess   .... Almoef's Model
    
34. 
    
35. Convergence Tolerances:
    
36. Energy Change            TolE     ....  5.0000e-06 Eh
    
37. Max. Gradient            TolMAXG  ....  3.0000e-04 Eh/bohr
    
38. RMS Gradient             TolRMSG  ....  1.0000e-04 Eh/bohr
    
39. Max. Displacement        TolMAXD  ....  4.0000e-03 bohr
    
40. RMS Displacement         TolRMSD  ....  2.0000e-03 bohr
    
41. 
    
42. ------------------------------------------------------------------------------
    
43.                         ORCA OPTIMIZATION COORDINATE SETUP
    
44. ------------------------------------------------------------------------------
    
45. 
    
46. The optimization will be done in new redundant internal coordinates
    
47. Making redundant internal coordinates   ...  (new redundants) done
    
48. Evaluating the initial hessian          ...  (Almloef) done
    
49. Evaluating the coordinates              ...  done
    
50. Calculating the B-matrix                .... done
    
51. Calculating the G-matrix                .... done
    
52. Diagonalizing the G-matrix              .... done
    
53. The first mode is                       ....   24
    
54. The number of degrees of freedom        ....   30
    
55. 
    
56.     -----------------------------------------------------------------
    
57.                     Redundant Internal Coordinates
    
58. 
    
59. 
    
60.     -----------------------------------------------------------------
    
61.          Definition                    Initial Value    Approx d2E/dq
    
62.     -----------------------------------------------------------------
    
63.       1. B(C   1,C   0)                  1.4014         0.599171   
    
64.       2. B(C   2,C   1)                  1.4014         0.599171   
    
65.       3. B(C   3,C   2)                  1.4014         0.599171   
    
66.       4. B(C   4,C   3)                  1.4014         0.599171   
    
67.       5. B(C   5,C   4)                  1.4014         0.599171   
    
68.       6. B(C   5,C   0)                  1.4014         0.599171   
    
69.       7. B(H   6,C   0)                  1.0700         0.387554   
    
70.       8. B(H   7,C   1)                  1.0700         0.387554   
    
71.       9. B(H   8,C   2)                  1.0700         0.387554   
    
72.      10. B(H   9,C   3)                  1.0700         0.387554   
    
73.      11. B(H  10,C   4)                  1.0700         0.387554   
    
74.      12. B(H  11,C   5)                  1.0700         0.387554   
    
75.      13. A(C   1,C   0,C   5)          120.0000         0.428769   
    
76.      14. A(C   1,C   0,H   6)          120.0000         0.355267   
    
77.      15. A(C   5,C   0,H   6)          120.0000         0.355267   
    
78.      16. A(C   2,C   1,H   7)          120.0000         0.355267   
    
79.      17. A(C   0,C   1,C   2)          120.0000         0.428769   
    
80.      18. A(C   0,C   1,H   7)          120.0000         0.355267   
    
81.      19. A(C   3,C   2,H   8)          120.0000         0.355267   
    
82.      20. A(C   1,C   2,H   8)          120.0000         0.355267   
    
83.      21. A(C   1,C   2,C   3)          120.0000         0.428769   
    
84.      22. A(C   4,C   3,H   9)          120.0000         0.355267   
    
85.      23. A(C   2,C   3,H   9)          120.0000         0.355267   
    
86.      24. A(C   2,C   3,C   4)          120.0000         0.428769   
    
87.      25. A(C   3,C   4,H  10)          120.0000         0.355267   
    
88.      26. A(C   3,C   4,C   5)          120.0000         0.428769   
    
89.      27. A(C   5,C   4,H  10)          120.0000         0.355267   
    
90.      28. A(C   0,C   5,C   4)          120.0000         0.428769   
    
91.      29. A(C   4,C   5,H  11)          120.0000         0.355267   
    
92.      30. A(C   0,C   5,H  11)          120.0000         0.355267   
    
93.      31. D(H   7,C   1,C   0,C   5)    180.0000         0.024745   
    
94.      32. D(H   7,C   1,C   0,H   6)     -0.0000         0.024745   
    
95.      33. D(C   2,C   1,C   0,H   6)    179.9999         0.024745   
    
96.      34. D(C   2,C   1,C   0,C   5)     -0.0000         0.024745   
    
97.      35. D(H   8,C   2,C   1,C   0)   -180.0000         0.024745   
    
98.      36. D(C   3,C   2,C   1,C   0)     -0.0000         0.024745   
    
99.      37. D(C   3,C   2,C   1,H   7)    179.9999         0.024745   
    
100.      38. D(H   8,C   2,C   1,H   7)     -0.0000         0.024745   
     
101.      39. D(H   9,C   3,C   2,H   8)      0.0000         0.024745   
     
102.      40. D(H   9,C   3,C   2,C   1)   -179.9999         0.024745   
     
103.      41. D(C   4,C   3,C   2,H   8)   -179.9999         0.024745   
     
104.      42. D(C   4,C   3,C   2,C   1)      0.0001         0.024745   
     
105.      43. D(H  10,C   4,C   3,C   2)    179.9998         0.024745   
     
106.      44. D(C   5,C   4,C   3,H   9)    179.9999         0.024745   
     
107.      45. D(C   5,C   4,C   3,C   2)     -0.0001         0.024745   
     
108.      46. D(H  10,C   4,C   3,H   9)     -0.0001         0.024745   
     
109.      47. D(H  11,C   5,C   4,H  10)      0.0000         0.024745   
     
110.      48. D(C   0,C   5,C   4,H  10)   -179.9999         0.024745   
     
111.      49. D(C   0,C   5,C   4,C   3)      0.0001         0.024745   
     
112.      50. D(H  11,C   5,C   0,H   6)      0.0001         0.024745   
     
113.      51. D(H  11,C   5,C   0,C   1)   -179.9999         0.024745   
     
114.      52. D(H  11,C   5,C   4,C   3)   -180.0000         0.024745   
     
115.      53. D(C   4,C   5,C   0,H   6)   -179.9999         0.024745   
     
116.      54. D(C   4,C   5,C   0,C   1)      0.0000         0.024745   
     
117.     -----------------------------------------------------------------
     
118. 
     
119. Number of atoms                         .... 12
     
120. Number of degrees of freedom            .... 54
     
121. 
     
122.          *************************************************************
     
123.          *                GEOMETRY OPTIMIZATION CYCLE   1            *
     
124.          *************************************************************
     
125. ---------------------------------
     
126. CARTESIAN COORDINATES (ANGSTROEM)
     
127. ---------------------------------
     
128.   C     -0.565916   -0.416852    0.000072
     
129.   C      0.835484   -0.416922    0.000501
     
130.   C      1.536244    0.796691   -0.000064
     
131.   C      0.835605    2.010374   -0.001059
     
132.   C     -0.565795    2.010444   -0.001486
     
133.   C     -1.266555    0.796831   -0.000921
     
134.   H     -1.100963   -1.343472    0.000503
     
135.   H      1.370437   -1.343596    0.001260
     
136.   H      2.606244    0.796637    0.000263
     
137.   H      1.370652    2.936994   -0.001492
     
138.   H     -1.100748    2.937117   -0.002243
     
139.   H     -2.336555    0.796884   -0.001247
     
140. 
     
141. ----------------------------
     
142. CARTESIAN COORDINATES (A.U.)
     
143. ----------------------------
     
144.   NO LB      ZA    FRAG    MASS        X           Y           Z
     
145.    0 C     6.0000    0    12.011         -1.069427067386417         -0.787735834918422          0.000136740583051
     
146.    1 C     6.0000    0    12.011          1.578835023307257         -0.787868323617671          0.000947451991764
     
147.    2 C     6.0000    0    12.011          2.903081247461957          1.505527293133800         -0.000120583424606
     
148.    3 C     6.0000    0    12.011          1.579065418717505          3.799055417481780         -0.002000785338812
     
149.    4 C     6.0000    0    12.011         -1.069196671976169          3.799187906181030         -0.002807641706212
     
150.    5 C     6.0000    0    12.011         -2.393442896130868          1.505792289429559         -0.001740097618637
     
151.    6 H     1.0000    0     1.008         -2.080518459094036         -2.538794280872281          0.000950286580965
     
152.    7 H     1.0000    0     1.008          2.589750500409071         -2.539027945508741          0.002380960442434
     
153.    8 H     1.0000    0     1.008          4.925088116271390          1.505426117196590          0.000497583788323
     
154.    9 H     1.0000    0     1.008          2.590156810425125          5.550113863435641         -0.002819131241106
     
155.   10 H     1.0000    0     1.008         -2.080112149077982          5.550347528072099         -0.004238485643033
     
156.   11 H     1.0000    0     1.008         -4.415449764940301          1.505893465366770         -0.002356469591738
     
157. 
     
158. --------------------------------
     
159. INTERNAL COORDINATES (ANGSTROEM)
     
160. --------------------------------
     
161. C      0   0   0   0.000000     0.000     0.000
     
162. C      1   0   0   1.401400     0.000     0.000
     
163. C      2   1   0   1.401400   120.000     0.000
     
164. C      3   2   1   1.401400   120.000     0.000
     
165. C      4   3   2   1.401400   120.000     0.000
     
166. C      5   4   3   1.401400   120.000     0.000
     
167. H      1   2   3   1.070000   120.000   180.000
     
168. H      2   1   3   1.070000   120.000   180.000
     
169. H      3   2   1   1.070000   120.000   180.000
     
170. H      4   3   2   1.070000   120.000   180.000
     
171. H      5   4   3   1.070000   120.000   180.000
     
172. H      6   5   4   1.070000   120.000   180.000
     
173. 
     
174. ---------------------------
     
175. INTERNAL COORDINATES (A.U.)
     
176. ---------------------------
     
177. C      0   0   0   0.000000     0.000     0.000
     
178. C      1   0   0   2.648262     0.000     0.000
     
179. C      2   1   0   2.648262   120.000     0.000
     
180. C      3   2   1   2.648262   120.000     0.000
     
181. C      4   3   2   2.648262   120.000     0.000
     
182. C      5   4   3   2.648262   120.000     0.000
     
183. H      1   2   3   2.022007   120.000   180.000
     
184. H      2   1   3   2.022007   120.000   180.000
     
185. H      3   2   1   2.022007   120.000   180.000
     
186. H      4   3   2   2.022007   120.000   180.000
     
187. H      5   4   3   2.022007   120.000   180.000
     
188. H      6   5   4   2.022007   120.000   180.000
     
189. 
     
190. ---------------------
     
191. BASIS SET INFORMATION
     
192. ---------------------
     
193. There are 2 groups of distinct atoms
     
194. 
     
195. Group   1 Type C   : 11s5p1d contracted to 4s3p1d pattern {6311/311/1}
     
196. Group   2 Type H   : 5s1p contracted to 3s1p pattern {311/1}
     
197. 
     
198. Atom   0C    basis set group =>   1
     
199. Atom   1C    basis set group =>   1
     
200. Atom   2C    basis set group =>   1
     
201. Atom   3C    basis set group =>   1
     
202. Atom   4C    basis set group =>   1
     
203. Atom   5C    basis set group =>   1
     
204. Atom   6H    basis set group =>   2
     
205. Atom   7H    basis set group =>   2
     
206. Atom   8H    basis set group =>   2
     
207. Atom   9H    basis set group =>   2
     
208. Atom  10H    basis set group =>   2
     
209. Atom  11H    basis set group =>   2
     
210. ORCA finished by error termination in ORCA_GTOInt

复制代码

sobereva

你的环境变量没设对，应当为
export PATH=$PATH:/home/fu/openmpi1.6.5/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/fu/openmpi1.6.5/lib