嵌入簇模型的背景电荷设置问题

lmhzhm · 发表于 Post on 2017-9-15 16:40:51

最近开始学习建立氧化钙团簇模型，看到下面这篇文献，有几个问题不太懂，想请教一下各位大神（1）该文献中的背景电荷数是怎么计算的，是不是加了两层电荷，如果是的话，我觉得应该是7*7*6-18=276个电荷
（2）给晶体团簇加背景电荷用charge关键词一个一个加不太现实，是否可以用sob在http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3464提到的方法
（3）对于氧化钙这样的离子晶体，电荷值是不是可以直接定为+0.2和-0.2
谢谢！

tjuptz · 发表于 Post on 2019-12-4 11:50:21

sobereva 发表于 2019-12-4 07:31
这明显不能反映

这就需要自己把握这种方法的合理性了

sobereva · 发表于 Post on 2019-12-4 07:31:05

tjuptz 发表于 2019-12-4 07:19
老师，用背景电荷体现晶体环境，将周期性问题转化成孤立团簇问题，比如激发问题或者反应过渡态问题，只能 ...

这明显不能反映

tjuptz · 发表于 Post on 2019-12-4 07:19:51

sobereva 发表于 2017-9-15 17:01
Hg与CaO接触的那一面不增加点电荷，只在簇模型下头才加两层，所以Z方向不是6而是4

应当自行写个脚本去产 ...

老师，用背景电荷体现晶体环境，将周期性问题转化成孤立团簇问题，比如激发问题或者反应过渡态问题，只能体现周围片段的静电作用，不能体现范德华作用的影响或者周围片段可能存在的直接影响，例如分子间的电荷转移或者直接参与反应

lmhzhm · 发表于 Post on 2017-9-21 19:53:43

sobereva 发表于 2017-9-21 18:43
优化到后来结构明显散了
先不加背景电荷，如果优化过程正常，说明背景电荷设置有问题

我把背景电荷去掉后优化正常了，看来就是背景电荷出了问题，谢谢老师，我再想哪里出错了

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-21 18:43:07

lmhzhm 发表于 2017-9-21 15:49
老师，我试了好几天opt还是没办法正常结束，也加了一些解决SCF不收敛的关键词，但是都不能收敛，实在是找 ...

优化到后来结构明显散了
先不加背景电荷，如果优化过程正常，说明背景电荷设置有问题

lmhzhm · 发表于 Post on 2017-9-21 15:49:45

sobereva 发表于 2017-9-18 08:59
我删了opt是为了证明SCF部分是可以正常过去的，我不完整做opt是为了省时间
有背景电荷时可以做opt。不要 ...

老师，我试了好几天opt还是没办法正常结束，也加了一些解决SCF不收敛的关键词，但是都不能收敛，实在是找不到原因了，麻烦老师指点一下

lmhzhm · 发表于 Post on 2017-9-18 09:04:57

sobereva 发表于 2017-9-18 08:59
我删了opt是为了证明SCF部分是可以正常过去的，我不完整做opt是为了省时间
有背景电荷时可以做opt。不要 ...

好的我明白了，谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-18 08:59:36

lmhzhm 发表于 2017-9-18 08:46
老师，我拿您的gjf做了计算也成功收敛了，但是为什么您在文件中删掉了opt关键词，是相当于做了能量计 ...

我删了opt是为了证明SCF部分是可以正常过去的，我不完整做opt是为了省时间
有背景电荷时可以做opt。不要完全信手册，手册有不少地方其实写得并不确切或者不明不白，还是要结合理论知识和实际计算测试来进一步摸清楚。

lmhzhm · 发表于 Post on 2017-9-18 08:46:43

sobereva 发表于 2017-9-17 23:04
顺利收敛了。只做了SCF

老师，我拿您的gjf做了计算也成功收敛了，但是为什么您在文件中删掉了opt关键词，是相当于做了能量计算吗？因为我看到高斯说明书中写“”Charge 关键字指定在计算中包含背景电荷的分布。电荷分布是由点电荷组成的，仅对单点能计算有效。”，但之后的例子里面又加了opt关键词，不知道怎么理解。现在我应该直接拿输出文件的结构加入Hg原子进行opt优化吗，此时是否需要加入背景电荷？

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-17 23:04:50

lmhzhm 发表于 2017-9-17 19:39
sob老师，我这两天算了一下发现模型不收敛
我是先在MS里建立CaO的3*3*2超胞，然后在VESTA里面去掉边界性 ...

顺利收敛了。只做了SCF

lmhzhm · 发表于 Post on 2017-9-17 19:39:16

sobereva 发表于 2017-9-16 11:04
不需要opt=z-matrix，手册说的有问题
都用笛卡尔坐标

sob老师，我这两天算了一下发现模型不收敛
我是先在MS里建立CaO的3*3*2超胞，然后在VESTA里面去掉边界性导入GV，在GV中删原子、改元素和加电荷，但是一直都不收敛，显示L502错误，麻烦您帮我看看操作过程跟输入文件有没有问题

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-16 11:04:43

lmhzhm 发表于 2017-9-16 10:59
sob老师，我现在把背景电荷加上了，我看到您在高斯说明书中写道必须使用opt=z-matrix NoSymm关键词，那我 ...

不需要opt=z-matrix，手册说的有问题
都用笛卡尔坐标

lmhzhm · 发表于 Post on 2017-9-16 10:59:18

sobereva 发表于 2017-9-15 22:12
吸附那面肯定不能加，要不和实际就不符了。

sob老师，我现在把背景电荷加上了，我看到您在高斯说明书中写道必须使用opt=z-matrix NoSymm关键词，那我的坐标都需要用z-矩阵来表示吗，还有背景电荷的坐标也需要用z-矩阵吗

lmhzhm · 发表于 Post on 2017-9-16 08:15:39

卡开发发发表于 2017-9-15 21:33
离子晶体用H饱和我觉得没啥太大好处，直接考虑点电荷就足够了。

好的，那我按照您说的方法试试

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[Gaussian/gview] 嵌入簇模型的背景电荷设置问题